 医药学方面的科研都是为了临床服务的，模式动物的基础研究结束后都要进行临床研究，关于临床研究可以有许多思路用来借鉴，其中今年发表在Genomics Proteomics & Bioinformatic上的一篇文章，其研究应用了现在比较火热的蛋白质组学，正在苦于临床研究设计的童鞋可以借鉴一下，下面让我们学习一下下面这篇文章作者的研究思路。 英文题目：A Systems Biology Approach for Studying Heterotopic Ossification: Proteomic Analysis of Clinical Serum and Tissue Samples 中文题目：用于研究异位骨化的系统生物学方法：临床血清和组织样品的蛋白质组学分析 影响因子：6.615 摘要 异位骨化（HO）是指软组织中骨的异常形成。通常在HO形成后进行放射照相诊断。为了鉴定HO的潜在和新型生物标志物，作者使用同量异位标签进行相对和绝对定量（iTRAQ）和高通量抗体阵列，以对有（HO +）和无（HO-）异位骨化的受试者的血清和组织进行相对定量蛋白质组学分析。 结果发现，来自经历创伤的受试者的血清样品与对照组相比，具有不同的蛋白质组表达谱。随后用ELISA鉴定了在HO +和HO-之间差异调节的五种血清蛋白。与HO-样本相比，HO +样本中胰岛素样生长因子I（IGF1）的量上调，而骨桥蛋白（OPN），髓过氧化物酶（MPO），与runt相关的转录因子2（RUNX2）的量较低。 在HO +样品中发现生长分化因子2或骨形态发生蛋白9（BMP-9）（Welch双样本t检验; P <> HO样本分析流程 结果 44名受试者参加了这项研究。从42名受试者收集组织样品，其中41名组织样品有匹配的血清样品。(基于iTRAQ相对定量技术，在血清中共鉴定到1220个蛋白，在组织中鉴定到3770个蛋白，两种样本共同检测到的蛋白是648个，血清和组织中分别有82和281个差异蛋白，其中7个蛋白质在血清和组织样品中均受到差异调节)；后面采用WB和ELISA对筛选的关键蛋白进行验证。 受试者信息 为了鉴定HO的潜在标志物，首先用抗体微阵列技术对蛋白进行初筛，有200多个蛋白在两组间产生斑点差异，进一步对这些蛋白进行过滤，最终保留67个目标蛋白用于进一步验证。 Western Blot分析鉴定来自组织样品的生物标志物 图A是来自组织样品的281种差异表达的蛋白质所参与的功能，包括细胞外基质的降解，横纹肌收缩，中性粒细胞脱粒，内体/液泡途径，硫酸角质素降解，细胞蛋白的细胞凋亡，干扰素γ信号传导和人类与结核分枝杆菌的潜伏感染； 图B是组织样本差异蛋白相互作用图，发现与HO-样品相比，角质化途径中鉴定的所有12种蛋白质在HO +中均下调。 差异表达蛋白的整合网络分析 为了整合来自组织和血清分析的数据，将HO +和HO-组之间差异蛋白质组合用于进一步分析受HO影响的生物学途径。将血清和组织鉴定的差异蛋白整合分析。 最终确定了15种显着差异的途径（P <> 结论：将鉴定出来的生物标志物与潜在的新疗法联系起来对于改善患者预后至关重要。随着精准医学工作继续推动先进技术的应用，多蛋白质组合方法与高级分析相结合，是用于检测和监测HO的临床相关且可行的诊断平台。 小编总结 1. 蛋白质组学研究临床样本首先要求样本重复数要多，因为临床样本个体差异本来就大，足够的重复数才能保证实验的准确性和说服性； 2. 选择主流的研究手段和分析方法； 3. 采集多种样本类型进行研究，共同说明问题； 4. 组学大规模筛选差异蛋白后一定要进行验证。 掌握以上要领才好发高分文章哦！ |
|
|
