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Circos（官网链接：http:///）是一款非常nice的基因组圈图绘制软件，它所绘制的图片，emmm……你想有多漂亮就能有多漂亮。它提供了部分在线绘图的功能，可以戳这里了解一下：教你绘制circos图。但是基于对图片的要求不同，掌握了命令行的方式进行绘图，能够获得的结果也就越完善。这里就从最简单的入手（如下图），来教大家掌握绘图方法！
数据准备
参考上图，绘制需要两项基本内容，其一是染色体信息文件（核型文件），主要目的是在图片上显示出染色体，并进行颜色等相关设置；其二是标签文字文件（文本text文件），主要目的是在染色体上具体的位置将基因作为label显示。
核型文件（chr.info）
格式如下所示： chr - 1 Chr1 0 30427671 chr1
chr - 2 Chr2 0 19698289 chr2
chr - 3 Chr3 0 23459830 chr3
chr - 4 Chr4 0 18585056 chr4
chr - 5 Chr5 0 26975502 chr5
文件以TAB分隔，前两列可以不变，而需要注意第三列到最后一列的信息，第三列为染色体实际编号，第四列是图片上进行显示的编号，第五列表示染色体长度的起始，第六列对应染色体的终止，也就是最终长度，最后一列实际上控制的是染色体的颜色，chr1至chr5都对应不同的颜色。 text文件（text.txt）
文件格式如下（全部内容共24行，此处仅显示部分）： 5 25982254 25986435 AT5G65050
4 17835217 17838969 AT4G37940
4 12023824 12028004 AT4G22950
3 22618259 22620529 AT3G61120
1 25982294 25986349 AT1G69120
文件依然以TAB分隔，第一列表示标签文字（基因）出现的染色体实际编号，第二列第三列表示基因位于该染色体上的起止坐标位置，第四列是该基因的ID即在染色体上显示的文字。
绘图配置
进行circos绘图，需要依据最终目标整理配置文件，也就是对图片进行各种细节设置，以目标图片为例，配置文件（config.txt）如下：
chromosomes_units=100000 #染色体单位长度
chromosomes_reverse=/[12345]/ #是否对匹配到的染色体进行反转
#####针对染色体显示进行设置
fill=yes #是否进行颜色填充
label_font=default #染色体标签字体
label_parallel=yes #字体方向易于浏览
label_radius=1.1r #标签位置
label_size=45 #标签字体大小
radius=0.5r #染色体位置
show_label=yes #是否显示染色体标签
###针对染色体之间空隙大小进行设置
default=0.005r
stroke_color=dgrey #染色体外边框轮廓颜色
stroke_thickness=2p #轮廓厚度
thickness=0.03r #染色体厚度
karyotype=/share/circos/result/chr.info ##核型文件位置
#######此处仅显示针对标签text进行设置
type=text #限定plot为文本标签
color=red #限定文字标签颜色
file=/share/circos/result/text.txt ##text文件位置
label_font=condensed #文字字体类型
label_size=30 #文字字体大小
label_snuggle=yes #如多个文本文字距离过近，避免重叠
show_links=yes #显示标签和染色体之间的连接
link_color=black #连接线颜色
link_dims=0p,20p,50p,2p,2p #连接线细分五部分，各部分长度
link_thickness=2p #连接线厚度
r0=1r #标签位置，其r0和r1大小能控制标签在内或在外
r1=1r+200p
rpadding=5p #文字边缘大小
#######针对染色体刻度开始进行设置
show_tick_labels=yes #是否显示刻度标签
show_ticks=yes #是否显示刻度
color=black #刻度线颜色
multiplier=1e-6 #刻度标签显示值的计算，显示刻度的位置对应该值的大小
radius=1r #显示位置
thickness=2p #刻度线厚度
##设置每5u的刻度并进行细节设置
size=10p #刻度线大小
spacing=5u #每5个单元长度出现一个刻度
##设置每10u的刻度并进行细节设置
color=black #刻度线颜色
format=%d #标签数字格式，%d表示整数，%f浮点数
label_offset=10p #标签和刻度之间的距离
label_size=25p #标签大小
show_label=yes #显示标签，标签值需按照multiplier计算
size=15p
spacing=10u #每10u出现一个刻度
thickness=4p
###其他基础设置
include etc/colors.conf>>
include etc/brewer.conf>>
include etc/fonts.conf>>
include etc/image.conf>>
include etc/housekeeping.conf>>
命令行绘图
在安装软件之后，运行绘图命令，即可获得基础图片：
/share/work/biosoft/circos/circos-0.69/bin/circos -conf config.txt --outputdir ./ -outputfile test
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