GEO数据库中的数据是公开的,很多的科研工作者会下载其中的数据自己去分析,其中差异表达分析是最常见的分析策略之一,为了方便大家更好的挖掘GEO中的数据,官网提供了一个工具 从名字也可以看出,该工具实现的功能就是将GEO数据库中的数据导入到R语言中,然后进行差异分析,本质上是通过以下两个bioconductor上的R包实现的
一组样本在GEO数据库中用
在网页上可以看到 1. Value distribution该选项用箱线图展示所有样本中表达量的分布,结果示意如下 2. Profile graph该选项用于展示某个探针/基因在所有样本中的分布,结果示意如下 点击
1. 定义样本分组通过 2. 参数调整通过页面下方的 第一个参数用于选择多重假设检验的P值校正算法,第二个参数表示是否对原始的表达量进行log转换,第三个参数调整最终结果中展示的对应的platfrom的注释信息,是基于客户提供的supplement file中的信息, 还是使用 3. 执行点击如下所示的 结果示意如下,在页面上只显示最显著的250个差异基因 全部基因的结果可以通过 ·end· |
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