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给科研萌新:眼见不为真,请拿数据说话

 微笑如酒 2019-01-04

先来看张图:


一个弱一点,一个亮一点,差异非常明显?

错,拿数据说话?

啊?这图不是数据么.....

错,我说拿数据说话!


所有以上你说的这些都属于“外行话”,活该被老板骂得半死,再比如:

“老师,我觉得这两张图差别挺大的啊”

“老师,这个western的结果看着就很有意义啊”

。。。

被这样蹂躏过若干次之后,才最终领悟到科研的真谛:

图片figure只是“门面工程”,说的是个例,不做数的

数据才是门面后面真实的研究结果!

SO

在科研界

只有量化,才是王道。

那么,怎么把图像结果转化成数字结论呢?

我们今天来学习ImageJ



一、荧光图


将图片拖入ImageJ,分离RGB色彩,选择单一色彩通道

以我的一个共聚焦成像绿色荧光图片为例

RGB色彩格式包括了红绿蓝三色,是组合色,不能直接分析的,需要将它分离成8bit的格式,变成灰度图,才能分析。


接下来一步叫做筛选分析区域,需要用Adjust里的threshold功能来截取区域,先设置肉眼看起来比较亮的图片的截取区域

先将第二个滑块拉到最右,再根据图像的变化调整第一个滑块,使黑色分析区域变得明显。

再将第一张图的threshold值应用到第二张图的区域截取中。


接着,就可以分析了,设置分析参数如下


开始分析

其中%Area就是荧光比例了,可以拿来量化比较。



二、电泳条带分析


拿到彩图的第一件事是将色彩分离,而拿到黑白的电泳条带,第一件事则是将背景分离


分离电泳背景


第二步和荧光图分析一样,截取分析的区域,但是胶图截取的工具在“gel”选项中,先用矩形框勾出看上去最粗的条带


接着,用同样的方法勾选剩余条带,选择“select next lane”来截取


注意,矩形框的大小应保持一致。


分析条带的灰度值,得到一系列的灰度峰图


用线条工具将峰图的底部“封口”


选择魔棒工具,依次点击峰图的峰下区域,获得不同条带的灰度值


没软件啊?ImageJ是开源的啦,别再被骗(关注本公众号发送关键词了哈),直接去官网:(https://imagej./ij/ )就是了。它是由National Institutes of Health(NIH)开发的一款功能强大的免费软件,在生物及医学图像分析中起着非常重要的作用。



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