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上周，美格基因16S全长测序一经推出，反响热烈，全国前30名签单客户，可尊享： > 5000 CCS reads/ 样 数据量 + <40天> + 个性化分析免费赠送 + 生信培训班免费名额 还剩最后几个名额，心动的老师们可要抓紧时间行动啦！今天我们再来好好扒一扒16S全长测序这位当红小生~~~ 样品总DNA提取——质检——全长扩增——产物纯化——文库制备及库检——PacBio上机测序——生物信息学分析 生物信息分析流程图 1 模拟菌群和湖水样本的全长16S测序与V4区域测序对比 [1] 本研究中，作者利用Sakinaw湖中8个不同深度的湖水样本基于PacBio平台对全长16S rDNA进行测序，同时也利用Miseq 平台对16S rDNA的V4区域测序。结果表明，V4数据中有0.2-4.1%的微生物在门水平上无法区分，而PhyloTags则能在门水平上完全区分。作者认为在环境样本中，短读长测序数据在复杂群类区分中失去优势，而长读长则能在属水平上对菌群进行区分；同时，PacBio平台测序产生的PhyloTags具有超高的一致性，更能够真实反映微生物的高GC/低GC区，可提供更精确更多的物种分类鉴定。 群落的表达模式分析 2 使用全长16S测序改进OTU聚类质量[2] 在该文章中，作者通过模拟数据分析，显示长读长序列可改善OTU质量并减少方差。同时，作者也使用MiSeq和全长16S特异性的组合测序分析，进一步支持长读长可识别并改善OTU聚类的结果。 样本的OTU概况和系统发育分析 1. 全长16S测序的优势和劣势是什么？ 全长16S测序可以得到更长的读长和更全的扩增区域，基于此，与传统基于二代平台上的16S测序相比，可以得到更细致的物种分类和更多物种注释信息。当然，全长16S的缺点也很明显，就是成本比较高，所以该如何选择，需要具体看研究目的了。 2. 在全长16S测序中，增加测序量（CCS的数目）是否可以得到更好的结果（分辨率）呢？ 一般情况下，5000 CCS reads能满足各类样本的研究需要，若客户的样本的微生物种类非常丰富，或者客户对微生物的分类要求更高，则可推荐更高测序数据量。 鉴于文献[3]，若需要鉴定到种水平，且保证OTUs数量能够覆盖样品中97%以上的微生物，各类型样品所需数据量如下： 肠道、粪便样本：3000-4000条reads； 水体样本：3000-4000条reads； 土壤样本：4000-5000条reads。 横坐标为全长CCS的数目，纵坐标为OTU数目。可以看出，各类样本在测序量达到5000 条CCS以上，OTU已经不再增加，说明5000 CCS基本能满足各类样本的研究需要。 美格基因全长16S测序拥有， 更全面的区域选择！ 更严格的质量控制！ 更高的数据量承诺！ 更全面的分析内容！ 业内最具竞争力的价格！ 赶快联系我们吧~~~
参考文献 [1] Singer, Esther, et al. 'High-resolution phylogenetic microbial community profiling.' The ISME journal 10.8 (2016): 2020. [2] Franzén, Oscar, et al. 'Improved OTU-picking using long-read 16S rRNA gene amplicon sequencing and generic hierarchical clustering.' Microbiome 3.1 (2015): 43. [3] Bowman, Brett, et al. 'Analysis of full-length metagenomic 16S genes by SMRT sequencing.' Chemistry 4 (2013): C2.  广东美格基因科技有限公司成立于2016年8月，是一家专注于高通量测序、基因芯片、生物试剂、生物信息分析等方面科研服务的国家高新技术企业。公司拥有一支多学科交叉、研发能力强大、管理经验丰富的高素质团队，其中硕博以上学历占40%。公司秉承“以技术引领品质、以品质创造价值”的理念，精心打造优质的科技服务平台，建立了广泛的技术服务网络，参与开发了数十款生物信息学分析软件及数据库，现已取得15项软件著作权、10项高新技术产品、2项发明专利，并在国际知名杂志上发表高水平研究论文30余篇。目前已为清华大学、中国科学院、中山大学、美国佐治亚理工学院、香港浸会大学等国内外众多科研学术机构提供了全方位的科研服务，在行业内具备显著影响力。 美格基因专注微生物组学领域，不断拓展基因组学在环境、生态、农业和医学健康领域的应用，持续开发国际领先的产品和服务，致力于成为全球领先的微生物组学产品和服务提供者。  美格基因， 发现微生物之美 |
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