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著名的Howard Chang 和 Paul 课题组合作，近期在 Cell 发表文章开发了微扰-ATAC测序技术，一种将多重CRISPR干扰或敲除与单个细胞中全基因组染色质可及性分析相结合的方法，该方法基于通过测序分析转座酶可及性染色质来同时检测CRISPR引导RNA和开放染色质位点( ATAC-seq )。将微扰-ATAC应用于4300个单细胞中的转录因子( TFs )、染色质修饰因子和非编码RNAs ( ncRNAs )，包含63种以上的基因型-表型关系。人类B淋巴细胞中的位扰-ATAC揭示了染色质可及性、TF占据率和核小体定位的调节因子，并确定了控制B细胞状态、变异和疾病相关顺式调节元件的TF层级。原代人表皮细胞中的微扰ATAC揭示了三个顺序的顺式元件模块，它们指定角质细胞的命运。所有成对的这些转录因子的组合缺失揭示了它们的上位性关系，并强调基因组共定位是协同作用的基础。因此，微扰-ATAC是剖析发育和疾病中基因调控网络的有力策略。 在微扰-ATAC技术中，细胞首先进入微流控，然后用Tn5酶进行裂解和DNA转座。转座后，Tn5从开放染色质片段中释放出来，来自每个细胞的CRISPR sgRNAs或sgRNA识别条形码使用靶特异性引物反向转录。然后通过PCR扩增所有内容物。然后收集单细胞文库，用细胞识别条形码引物进一步分别扩增sgRNA或ATAC扩增子，汇集并测序。 微扰-ATAC提供了一个高通量平台，将基因型与表观遗传表型联系起来，并最终揭示通过调节染色质状态来控制细胞命运和功能的分子机制。 |
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