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对于24K纯生信小白来说，数据准备绝对是一件令人头疼的问题。 还记得我第一次用ClustalX做序列Alinment时一直不出结果，折腾了一下午偶然发现出错仅仅因为文件名是中文的。经过这次教训以后，自己也养成了个习惯，不管是文件名还是表格内容绝不用中文，哪怕是用拼音表示。 在《你可能需要一个功能强大一点的文本编辑器……》一文，已介绍过用Notepad++查看Excel中不容易发现的格式错误。可还是有小白不知道啥是“制表符”，啥是文件拓展名，有时错误地将Excel表格另存成Unicode文本（*.txt）文件被虐得不要不要的。 像我这样 比较懒 心疼小白的人，不禁想问就不能省去Excel转制表符分隔的txt文件这一步，直接导入Excel数据吗？ 其实，R有很多包可以实现xlsx格式数据的导入和导出，下面给大家介绍3个R包。 xlsx包 xlsx 包比较强大，可以导入和导出Excel 文档（xls 和 xlsx格式）。 它是一个基于java的R包。主要通过 read.xlsx() 和read.xlsx2() 以R数据框的形式读入 Excel sheet。二者的区别是read.xlsx2()读取数据量的大（超过100 000个单元格）的表格更快。
read.xlsx(file, sheetIndex, header=TRUE, colClasses=NA) read.xlsx2(file, sheetIndex, header=TRUE,colClasses='character')
file :读入文件路径 sheetIndex : 读入Excel文档的表格（sheet）序号 header : 第一行是否为变量名 colClasses : 列的数据类型
示例：
#加载xlsx包 library(xlsx)
#读入工作目录中的Excel格式数据 st1 <- read.xlsx('mtcars.xlsx',=""> #读入指定目录中的Excel格式数据 st2 <- read.xlsx(file='C:\\Users\\MHY\\Desktop\\mtcars.xlsx' ,=""> 相应的，导出数据的函数也有两个，
write.xlsx(x, file, sheetName='Sheet1',col.names=TRUE, row.names=TRUE, append=FALSE) write.xlsx2(x, file, sheetName='Sheet1',col.names=TRUE, row.names=TRUE, append=FALSE)
x :需要导出的数据框 file :到出文件的路径 sheetName : 导出后生成表格（sheet）的名称 col.names, row.names : 是否导出数据框的行名和列名 append : 是否以追加新sheet方式将数据导出到已有Excel文档中
示例： #导出R自带mtcars数据为Excel数据 write.xlsx(mtcars, file='C:\\Users\\MHY\\Desktop\\mtcars.xlsx', sheetName='mtcars') #在导出的表中追加新的sheet(R自带数据cars); write.xlsx(cars, file='C:\\Users\\MHY\\Desktop\\mtcars.xlsx', sheetName='cars',append=TRUE) 此外，还可调整完全用R脚本去创建1个空的Excel文档，设置单元格格式，以及在Excel表格中添加R绘制的图表等，这里就不多做介绍。
readxl包 readxl 可以很简单的将Excel文档读入到R中，R包不需要依赖java环境, 非常容易安装。如果只是读入Excel数据，也够用了。主要有read_xls()、read_xlsx()和read_excel（）3个函数读入数据，三者参数一致，只不过read_excel（）会自动判定数据是xls或xlsx那种类型。
read_excel(path,sheet = NULL, range = NULL, col_names = TRUE, skip = 0，…)
path : 读入文件路径 sheet : 读入Excel文档的表格（sheet）序号或名称 range : 读入数据区域，比如 'B3:D87'，'sheet2!B2:G14' col_names : 第1行是否作为列名读入
示例：
library(readxl) re<-read_excel(path ='c:\\users\\mhy\\desktop\\mtcars.xlsx',sheet=""> openxlsx包 类似readxl包，openxlsx包也可以很简单的将Excel文档读入到R中。
read.xlsx(xlsxFile, sheet = 1, startRow =1, colNames = TRUE, rowNames = FALSE, …)
xlsxFile : 读入文件路径 sheet : 读入Excel文档的表格（sheet）序号或名称 startRow : 从那一行开始读入数据 colNames : 如果为TRUE,第一行数据作为列名 rowNames : 如果为TRUE, 第一列数据作为行名
示例：
library(openxlsx) op<-read.xlsx(xlsxfile ='c:\\users\\mhy\\desktop\\mtcars.xlsx',sheet="">
R包的安装 xlsx包的安装需要先安装Java。如果之前安装过Java，比如装过Cytoscape，仍然建议重新安装下Java，否则可能会因Java版本过期遇到下图这样的报错信息。
从官网下载Java的安装包，直接安装即可，安装过程中会自动检测和卸载过期的版本。 地址：https://www./en/download/windows-64bit.jsp
成功安装Java之后是这样的，之后就可以通过install.packages('xlsx') 安装xlsx包了。 readxl包和openxlsx包的安装比较简单，直接使用install.packages()函数安装即可。
最后，从功能上来将xlsx包的功能是最强大的，但它的安装需要依赖Java环境。如何只是导入Excel数据，用readxl和openxlsx包就可以了，毕竟用R基础函数write.table()导出的文本文件也可以用Excel打开。 |
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