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一个令人心醉的谜题——DNA和RNA是如何演化出美妙的螺旋结构?

 人老颠东 2019-01-29

在现代科学中,一直存在一个匪夷所思到令无数科学家心醉的谜题——DNA和RNA究竟是如何演化出这种美妙的螺旋结构的


最近,佐治亚理工学院的一组研究人员在超分子聚合物的形成过程中,发现了一种全然自发的对称性破缺——这对生物纯手性的起源有着重大的启示作用。他们认为,可能早在数十亿年前,当构成RNA的那些化学物质偶然地旋转成螺旋状时,就出现了RNA的这种螺旋结构。


在实验中,研究人员惊奇地发现:这种自发旋转成螺旋状的现象所出现的环境,正是我们通常认为地球在进化出第一批生命之前的常见环境——室温下没有催化剂的水中。而且这种整齐的螺旋结构还与另一种构成RNA和DNA骨架的化合物巧妙地结合在一起,最终形成了与RNA非常相似的结构。



 Nicholas Hud研究了早期地球上生命化学物质的可能起源。| 图片来源:Georgia Tech / Fitrah Hamid 



关键扭转


在追寻RNA(以及由RNA演化而来的DNA)的演化路径问题上,这项研究从实验角度带着我们向前迈进了一步。事实上,这是一个“先有鸡还是先有蛋”的问题:是那些构成了RNA的分子倾向于形成螺旋结构?还是螺旋结构出现在先,然后更适合这种螺旋结构的分子形成了后来的RNA?


这项研究的主要研究者是化学与生物化学学院的Nicholas Hud教授,他认为螺旋结构可能起到了某种加强作用,促使了具有相同手性的分子连接在一起,形成了一个呈螺旋扭转的骨架。


具有手性的分子是不能与其镜像重叠的,这个分子(左)就不能与它的镜像重叠(右),因此具有手性。| 图片来源:[2]


他们从实验中得到的聚合物并非RNA,但有可能是RNA的早期演化过程中的一个重要中间步骤。被他们用作为构建单元的是一种被称为“原核碱基”的物质,这种物质被认为极有可能是碱基(如今在RNA中传递遗传密码的主要成分)的前体。


碱基悖论


这项研究必须解决的还有化学演化中的一个悖论:


在实验室中,如果在没有活细胞酶的帮助下,想要用真正的碱基来制造RNA或DNA将是一项艰难无比的任务。因此,尽管如今RNA和DNA在地球上无处不在——但它们能在生命出现以前的地球上得以演化是一种非常异常的现象,是诸多极端条件的异常作用的结果。


然而,新的化学演化模型却表明,碱基前体可以很容易就自组装成RNA的原型——它们与聚合物类似,被称为组装体——演化成了后来的RNA。研究人员称这些RNA原型为‘原核碱基’。从新的化学演化模型来看,这些能自组装成长链的原核碱基,有可能是在现代碱基出现之前的非常早期阶段的一部分。


一个是原核碱基,另一个是碱基,很难分辨它们之间的差别。| 图片来源:Georgia Tech / Fitrah Hamid 


研究人员将有望成为原核碱基的主要物质锁定在三氨基嘧啶(TAP)三聚氰酸(CA)上,他们认为TAP和CA极有可能是原RNA的组成成分。


他们还惊喜地发现,将原核碱基的两种分子组装在一起的化学键并非共价键,而是类似于两个磁铁之间的吸引力,这种结合力出奇地强。这与RNA不同,因为在RNA中,连接碱基的主要化学键是由酶在细胞中创造的共价键。


螺旋偏好

螺旋有两种盘旋方式,向左或向右。在化学中,分子也是有手性的,有所谓的左手性(L)右手性(D)分子之分。有意思的是,组成了现代RNA和DNA的构成单元都是D型的,因此会形成右手螺旋。至于它们为什么会演化成这样,则仍是个未解之谜。


在实验中,研究人员分多个批次使用了无手性之分的TAP和CA分子,产生了大致相等数量的左手和右手螺旋,这个结果相当自然,但是,有一个奇特的现象:同一个批次的整个区域会偏向一个方向,并会与其他大部分螺旋方向相反的区域分隔开来。 


也就是说,分子会非常强烈地倾向于向某一个方向盘旋,使得批次中的大部分区域主要由朝单一反向扭曲的组装体构成。这个现象非常令研究人员惊讶,因为单独的TAP和CA分子是没有手性的,它们既不是L也非D,但它们组装而成的螺旋结构却倾向于向同一方向旋转!



 

 RNA螺旋模型。| 图片来源:Georgia Tech / Fitrah Hamid 

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