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2016年刊登于国际杂志BMC Bioinformatics上的一项研究报告中，来自莫斯科物理技术学院创新中心的一组研究者设计了一种新方法，该方法可以进行宏基因组偶联的DNA序列对比分析，可快速地完成多样本比对的任务，并且可以很容易地嵌入到宏基因组研究的数据分析过程中。 宏基因组的重要性不可低估，多个全球的研究计划，比如人类微生物组研究计划，就揭示了机体细菌群落的组成如何影响患病的风险。 传统的宏基因组分析方法就是根据分类学的组成（每种微生物的比例）来对不同样本进行对比，为了确定样本的物种组成，需要将样本DNA序列同已知的细菌基因组数据库（参考基因集）进行对比，然而传统的方法存在很多缺点，首先参考基因组通常都是不准确的，其次并不是所有的DNA序列都可以比对到参考基因组，比如病毒，因此在分析的过程中样本序列未全部考虑，而基于k-mer频率的对比方法并不需要依赖于参照的样本或者对有机体研究的相关信息。 本文中研究者开发的方法基于对有机体基因组序列的表示，由于基因组是每一种有机体中特殊的遗传序列，而不同的遗传字母在不同个体中差异很大，因此用于进行宏基因组分析的k-mers集应当被视为一组数据进行分析。而这就可以帮助研究人员分析不同样本间细菌组成的差异。 我们都知道，细菌在肠道中群落组成在不同个体间是明显不同的，而新型算法或可帮助揭示不同组成的差异；相比利用传统方法对参考数据集进行绘图分析，研究者开发的新方法可以通过比较数据间的k-mers来得出更好的分析结果。此外当利用真实数据时，肠道群落的k-mer值和传统方法结果之间的错配将帮助我们检测肠道宏基因组（细菌噬菌体crAssphage）中的另一种重要的组分；研究者Dmitri Alexeev说道，这种特殊基因不仅可以被认为是DNA的片段，而且还可以作为常规信息进行分析，而相关的信息则可以帮助鉴别出新型的DNA片段。 最后研究者表示，这种新开发的技术奖帮助我们更加有效且准确地寻找多种细菌群落中宏基因组间的差异，这对于研究并且开发诊断及治疗人类疾病的新型疗法提供了新的线索和思路。 参考文章： Assessment of k-mer spectrum applicability for metagenomic dissimilarity analysis |
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