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目标基因神捕,靶向测序绝配

 stingray928 2019-01-30

电影《四大名捕》里面诸葛神侯的四大徒弟冷血、无情、追命和铁手各自身怀绝技的形象深入人心,但是他们又有共同的特点就是可以精准捕获要对付的目标。


现如今,精准医疗、精准测序的时代已经到来,“靶向”成了这一时代C位出道的明星。而基于探针杂交捕获方法的靶向测序,由于不易污染、捕获区域大的优势,是目前靶向测序的主流方法。


今天小编就为大家介绍其中的关键步骤——探针捕获






                                         

1


 模板封闭


在探针杂交之前,需先加入DNA封阻剂,竞争性结合文库基因中的重复性片段,减少对非目标序列的捕获,降低干扰,提高中靶效率。


Invitrogen Human Cot-1 DNA 是胎盘 DNA,长度主要为 50 至 300 bp,并且富含重复的 DNA 序列,可以用放射性的32P和生物素标记,能用于在微阵列筛选中阻断非特异性杂交。


  • 品质保证:通过浓度、纯度、长度检测,严格的质量控制标准。

  • 批次间稳定性高:每个批次都使用微阵列和比较基因组杂交(CGH)进行测试。

  • 兼容性高:适用于不同的探针标签方法,如nick翻译,同聚物跟踪,替代合成,随机启动合成,还可兼容自定义protocol。



添加Cot-1作为封阻剂之后,目标DNA区域的富集都能有显著提高!

这款优质的封阻试剂被多个探针捕获试剂盒生厂商推荐:





2


杂交


杂交捕获的原理是设计探针,与目标片段互补配对,将未被结合的片段洗脱,留下需要的目标片段。由于分离步骤通常使用的是能与生物素结合的链霉亲和素磁珠纯化,故而需要在核苷酸探针上添加生物素标记。


DNA探针

推荐选择Biotin-14-dCTPBiotin-14-dATP


RNA探针:

推荐选择Biotin-16-UTP



3


生物素-链霉亲和素反应



接下来,就是久负盛名的Dynabeads Streptavidin磁珠出场啦!


作为生物素化配体和靶分子分离处理的金标准,Dynabeads Streptavidin磁珠表面有共价偶联的单层链霉亲和素,能结合生物素化的配体/靶标。


  • 直接快速分离任何生物素化分子

  • 灵活的方案具有温和高效的液相反应动力学特性

  • 极低的核苷酸和核酸非特异性结合

  • 生物磁性分离方案能轻松适应自动化平台

  • 批间可重复性高,确保一致的结果


您知道吗?全世界有超过25000个日常 IVD 设备使用 Dynabeads磁珠,也被众多捕获试剂盒厂商推荐:




4


磁性分离


最后一步就是用磁力架将未被结合的片段去除,留下需要的目标片段。


如果您的样品是全血样本分离出来的总RNA,我们还为您准备了一个好帮手:


GLOBINclear 试剂盒


全血样本分离出的总RNA里有大约70%是来源于球蛋白mRNA,如果不将球蛋白mRNA去除,会对低丰度转录本的分析造成严重的影响。


GLOBINclearTM 试剂盒使用磁珠法,探针捕获球蛋白mRNA,能够在90min去除95% alphabeta球蛋白mRNA


    

是不是想订购了呢?具体订购信息,请见下方:


今天推荐的试剂,不仅仅可应用于靶向测序,比如Biotin-14还可用于高通量染色体构象捕获(Hi-C),更多应用介绍,持续关注,敬请期待。

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