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定植行下内置反应堆
施肥备料。温室清园后，普施充分腐熟的有机肥作基肥，耕翻后整平，使粪土混合均匀。秸秆生物反应堆可促进养分分解，但不能取代施肥。建造秸秆反应堆需要准备菌种、麦麸和秸秆三种反应物。其比例（重量比）为菌种:麦麸：秸秆=1:20:500。通常每667米²需要准备作物秸秆4000~5000千克，秸秆可以使用玉米秸、稻草、麦秸、稻糠、豆秸、花生秧、花生壳、谷秸、高粱秸、向日葵秸、树叶、杂草、糖渣、食用菌栽培后的菌糠等。目前市场上用于秸秆生物反应堆的菌种较多，如沃丰宝生物菌剂、圃园牌秸秆生物反应堆专用菌种等，每667米²用量8~10千克，同时需准备麦麸160~200千克，为菌种繁殖活动提供养分。
挖沟铺秸秆。在种植行下按照大小行的距离在定植行正下方开沟，沟宽70~80厘米，沟深20~25厘米，长度同定植行。挖出的土堆放在沟的两侧。沟挖好后将秸秆平铺到沟内，踏实、踩平，秸秆厚度30厘米左右，南北两端各露出10厘米，以利于散热、透气。
撒菌种。菌种使用前必须进行预处理。方法是用1千克菌种和20千克麦麸干着拌匀，再用喷壶喷水，水量16千克。秋季和初冬（8~11月份）温度较高，菌种现拌现用，也可当天晚上拌好第2天用；晚冬和早春季节要提前3~5天拌好菌种备用。拌好的菌种一般摊薄10厘米存放，冬季注意防冻。麦麸也可用饼类、谷糠替代，但其数量应为麦麸的3倍，加水量应视不同用料的吸水量确定（以手轻握不滴水为宜）。施用菌种前先在秸秆上均匀撒施饼肥，用量为每667米²100~200千克，然后再把处理好的菌种撒在秸秆上，并用铁锹轻拍使菌种渗漏至下层一部分。如不施饼肥，也可在菌种内拌入尿素，用量为1千克菌种加50克尿素，目的是调节碳氮比，促进微生物分解。
定植打孔。将沟两边的土回填于秸秆上成垄，浇水湿透秸秆。2~3天后，找平起垄，秸秆上土层厚度保持20厘米左右。7天后在垄上按株行距定植，缓苗后覆地膜。最后按20厘米见方，用14号钢筋在定植行上打孔，孔深以穿透秸秆层为准。
定植行间内置秸秆生物反应堆
一般小行高起垄（20厘米以上）定植。秸秆收获后在大行内开沟，距离植株15厘米，沟深15~20厘米，长度与行长相等。沟铺放秸秆20~25厘米厚，两头露出秸秆10厘米，踏实找平。按每行用量撒接一层处理好的菌种，用铁锹拍振一遍，回填所起土壤，厚度10厘米左右，并将土整平，浇大水湿透秸秆。4天后打孔，打孔要求在大行两边靠近作物处，每隔20厘米，用14号钢筋打一个孔，孔深以穿透秸秆层为准。菌种和秸秆用量可参照定植行下内置式生物反应堆。
行间内置式反应堆只浇第一次水，以后浇水在小行间按常规进行。管理人员走在大行间，也会踩压出二氧化碳，抬脚就能回进氧气，有利于反应堆效能的发挥。此种内置反应堆，应用时期长，田间技术种植者可以选择此种方式。也可以把它作为行下内置反应堆的一种补充措施。
提示板 应用内置式秸秆生物反应堆技术，在第一次浇水湿透秸秆的情况下，平时管理要减少浇水次数，且不能浇大水。每次浇水后，都必须重新打孔，以保证氧气的供应和二氧化碳的释放。反应前2个月，浇水时不能冲施化肥、农药，以避免降低反应堆菌种的活性。叶面喷药不受限制。
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