大神一句话,菜鸟跑半年。我不是大神,但我可以缩短你走弯路的半年~ 就像歌儿唱的那样,如果你不知道该往哪儿走,就留在这学点生信好不好~ 这里有豆豆和花花的学习历程,从新手到进阶,生信路上有你有我! 大年初三,加油油。 首先搞清楚R包的来源及对应的安装方式: 来自CRAN:install.packages()
来自Biocductor: BiocManager::install()
来自Github:devools::install_github()
根据来源的不同将R包分开,包的名字组成字符串向量。
cran_packages <>'tidyverse', 'ggpubr', 'ggstatsplot') Biocductor_packages <>'org.Hs.eg.db', 'hgu133a.db', 'CLL', 'hgu95av2.db', 'survminer', 'survival', 'hugene10sttranscriptcluster', 'limma')
先设置镜像,然后将向量作为循环的输入,逐个执行安装 if(length(getOption('CRAN'))==0) options(CRAN='https://mirrors.tuna./CRAN/') for (pkg in cran_packages){ if (! require(pkg,character.only=T) ) { install.packages(pkg,ask = F,update = F) require(pkg,character.only=T) } } # first prepare BioManager on CRAN if(length(getOption('CRAN'))==0) options(CRAN='https://mirrors.tuna./CRAN/') if(!require('BiocManager')) install.packages('BiocManager',update = F,ask = F) if(length(getOption('BioC_mirror'))==0) options(BioC_mirror='https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/') # use BiocManager to install for (pkg in Biocductor_packages){ if (! require(pkg,character.only=T) ) { BiocManager::install(pkg,ask = F,update = F) require(pkg,character.only=T) } }
无需理会中间的报错,挨个加载(library)看是否报错(这个不能用循环),不报错就是安装成功。报错说不存在什么包,就到回头去安装什么包。以加载时的报错为准。
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