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今天是第1020期日报。 青岛大学李铎团队：高脂饮食伤菌促炎，可能影响长期健康Gut[IF:17.016] ① 纳入217名18-35岁非肥胖参与者，在6个月中分别食用等热量但脂含量不同的饮食（脂肪供能比分别为20%、30%和40%）；② 低脂饮食与菌群α多样性、Blautia和粪便杆菌属增加相关，高脂饮食与Alistipes属和拟杆菌属增加、粪便杆菌属减少相关；③ 高脂饮食组粪便中的短链脂肪酸显著低于其他组；④ 低脂饮食组中，与代谢疾病有关的共代谢产物甲酚和吲哚含量降低；⑤ 高脂饮食与粪便中花生四烯酸和脂多糖合成增加、血浆中促炎因子增加相关。 Effects of dietary fat on gut microbiota and faecal metabolites, and their relationship with cardiometabolic risk factors: a 6-month randomised controlled-feeding trial 【主编评语】高脂饮食会对肠道菌群造成影响。青岛大学李铎教授团队近期在《Gut》杂志发表一项RCT研究，发现非肥胖年轻人食用高脂饮食会改变肠道菌群及其代谢产物，可能会带来长期健康隐患。该结果对研究食物-菌群-宿主健康的相互关联具有参考价值。（@小肠） 极低能量饮食在青少年儿童中的减肥效果（综述）Obesity Reviews[IF:8.483] ① 纳入24项研究（16项干预前后研究、4项非随机试验、2项随机对照试验、2项病例回顾），分析极低能量饮食（摄入能量<50%的能量需求）干预在肥胖青少年儿童中的减重效果；② 所有研究的结果均显示，极低能量饮食干预可明显改善体重相关结局；③ 在青少年（10-18岁）、制定饮食干预和住院治疗的研究中减重效果更明显；④ 极低能量饮食干预后血压、血糖、胰岛素和总胆固醇等心血管代谢指标均明显改善；⑤ 目前无法给出关于极低能量饮食安全性的结论。 Efficacy of very low-energy diet programs for weight loss: A systematic review with meta-analysis of intervention studies in children and adolescents with obesity 【主编评语】Obesity Reviews上发表的一项荟萃分析结果，极低能量饮食可显著改善肥胖青少年儿童的体重、血压、血糖及心血管代谢指标，但在未来的研究中需要重点关注极低能量饮食干预的安全性问题。（@沈志勋） 高脂饮食及槲皮素通过调节肠道菌群影响小鼠的NAFLD发展Molecular Nutrition and Food Research[IF:5.151] ① 根据对高脂饮食（HFD）和槲皮素的应答选择供体小鼠，将肠道菌群移植给无菌小鼠；② 移植了HDF无应答或槲皮素高应答供体小鼠的肠道菌群的受体小鼠，在HFD诱导的非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）中表现出保护性表型，该保护作用与肠-肝轴的变化相关；③ 移植了HFD高应答供体小鼠的肠道菌群的受体小鼠，表现出NAFLD的易感性；④ 在预防肥胖相关NAFLD发展中，Akk菌发挥主要作用。 Functional Interactions between Gut Microbiota Transplantation, Quercetin, and High-Fat Diet Determine Non-Alcoholic Fatty Liver Disease Development in Germ-Free Mice 【主编评语】Molecular Nutrition and Food Research上发表的一项最新研究，通过给无菌小鼠进行粪菌移植，发现高脂饮食或槲皮素可通过调节肠道菌群，影响肥胖相关NAFLD的易感性。（@沈志勋） Nature子刊：宿主-共生菌群稳态维持缺不了转录因子c-MafNature Immunology[IF:21.809] ① 肠道调节性T细胞（Treg）限制依赖于菌群的IL-17辅助T细胞（TH17）功能以及IgA反馈，该调节作用需要转录因子c-Maf的调控；② 包括RORγt+ Treg和滤泡Treg在内，若干Treg的最终分化以及功能依赖于c-Maf；③ c-Maf缺陷型Treg的IL-10表达降低，c-Maf通过抑制PI(3)K-Akt-mTORC1和炎性细胞因子表达，调控IL-10表达；④ Treg的c-Maf缺陷会导致严重的肠道菌群紊乱，给c-Maf正常小鼠的移植c-Maf缺陷小鼠的紊乱菌群，足以加剧TH17免疫反应。 c-Maf-dependent Treg cell control of intestinal TH17 cells and IgA establishes host–microbiota homeostasis 【主编评语】调节性T细胞（Treg）在维持免疫稳态中具有重要作用。Nature Immunology,近期发表研究，发现转录因子c-Maf对肠道Treg的分化和功能具有重要作用，在维持宿主-肠道菌群共生稳态，抑制辅助性T细胞功能过激过程中具有核心地位，对研究菌群-免疫-宿主稳态具有参考价值。（@小肠） 华人学者团队揭示防治肠纤维化的潜在靶点Mucosal Immunology[IF:7.36] ① 在肠纤维化模型小鼠和克罗恩病患者肠道中，IL-23/IL-22轴表达上调，其促纤维化作用不依赖于T或B细胞；② 敲除或用雷帕霉素抑制CX3Cr1+ 单核吞噬细胞的mTOR，可抑制IL-23/IL-22的表达，减轻小鼠肠纤维化；③ 雷帕霉素处理可活化吞噬细胞的自噬作用，若敲除自噬基因Atg7，则导致IL-23表达增加，促进IL-22表达和纤维化；④ 细胞实验证实，IL-22有促纤维化作用，且与TGFβ有协同作用；⑤ 用抗体中和IL-23或IL-22，可减弱小鼠的肠纤维化反应。 Induction of autophagy in Cx3cr1+ mononuclear cells limits IL-23/IL-22 axis-mediated intestinal fibrosis 【主编评语】克罗恩病患者常存在肠纤维化现象，即肌成纤维细胞过度增殖和胶原蛋白沉积。Mucosal Immunology近期发表的由美国华人学者Zhu Xinjun等主导的研究发现，肠道中CX3Cr1+ 单核吞噬细胞的mTOR/自噬通路可影响IL-23/IL-22的表达，而IL-23/IL-22轴的活化可引起过度纤维化反应，抑制其活性是防治肠纤维化的潜在策略。（@李丹宜） Nature子刊：一种新的宏基因组探针设计算法Nature Biotechnology[IF:35.724] ① 宏基因组在检测和鉴定含量低的病毒组时，仍需靶向富集测序以提高灵敏度；② 本文提出的CATCH算法可设计具有指定数量寡核苷酸的最佳探针集，实现已知序列多样性的覆盖和扩展，捕获宏基因组样本中病毒基因组；③ 设计、合成和验证多个探针集，一个针对356种人类病毒全基因组的探针集捕获的病毒含量增加了18倍，可实现全基因组组装，并保留样本多样性；④ 探针组应用捕获重建拉沙热病毒基因组，并改进人类和蚊子样本中未鉴定病毒感染的检测。 Capturing sequence diversity in metagenomes with comprehensive and scalable probe design 【主编评语】宏基因组虽然理论上无所不包，但毕竟“尺有所短”。通过CATCH算法设计多重寡核苷酸探针靶向富集宏基因组特定序列，做到有的放矢，大大提高了病毒基因组检测灵敏度。（@高春辉） Nature子刊：仅用万分之一空间便可存储所有细菌和病毒的基因组信息Nature Biotechnology[IF:35.724] ① 全球细菌和病毒基因组数据呈指数增长，快速有效的基因检索功能对宏基因组分析、流行病学监测非常重要；② 结合种群基因组学和网络搜索的计算方法，开发生成的数据存储结构BIGSI，可提供方便快速的检索功能；③ BIGSI存储有目前全球44万个细菌和病毒基因组，占用的存储空间较原有方法减少4个数量级，并支持基因快速检索、定量等应用；④ 还方法成功用于检索质粒子来源和耐药基因；⑤ BIGSI扩展性强，支持数据规模可达百万个数据集的级别。 Ultrafast search of all deposited bacterial and viral genomic data 【主编评语】生物大数据的产生给我们带来了存储、检索等方面的挑战。Nature Biotechnology上介绍的一种新型基因组存储、检索方案，仅用比传统方法低四个数量级的空间就可存储目前所有的约44万个细菌、病毒基因组信息，并可有效用于基因检索，值得参考。（@高春辉） 宏基因组仿真数据生成软件：CAMISIMMicrobiome[IF:9.133] ① 宏基因组测序的微生物群落数据集高度多样化，要有效评估多种宏基因组分析软件的性能，需要大量的基准数据集；② CAMISIM是生成微生物群落和宏基因组样本仿真数据的程序；③ 步骤包括：群落设计（选择群落成员及其基因组，分配相对丰富），生成宏基因组测序仿真数据，数据处理（制定分箱和组装的金标准）；④ 通过CAMISIM产生的仿真数据可以用来测试不同进化差异、测序深度和错误率的宏基因组数据在不同分析软件上表现，指导最优方法的选择。 CAMISIM: simulating metagenomes and microbial communities 【主编评语】CAMISIM是特别为生成宏基因组和菌群测序仿真数据而设计的软件。该软件生成的数据集，可用于评测不同宏基因组分析工具的性能，指导软件使用时的参数设置，优化分析流程等。（@高春辉） 感谢本期日报的创作者：小肠，赵文芝，吴芹，李丹宜，刘永鑫 |
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