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Nature | 陈志坚团队首次系统性揭示cGAS-STING在细胞自噬中的功能

 生物_医药_科研 2019-03-13

来源:BioArt

先天免疫通路是机体防御外来病原体感染的第一道防线,主要包括Toll样受体通路(Toll-like receptors, TLRs)、RIG-I样受体通路(RIG-Ilike receptors, RLRs)、Nod样受体通路(Nod-like receptors, NLRs)及DNA受体通路,这些受体介导1型干扰素及炎性细胞因子的产生。cGAS-STING通路是新近鉴定出来的DNA受体通路。鸟嘌呤腺嘌呤(CyclicGMP-AMP, 简称为cGAMP)合酶cGAS通过结合自身损伤的DNA或者外源病原体DNA,合成第二信使cGAMP, cGAMP与接头蛋白STING结合并活化STING,进一步激活TBK1,诱导转录因子IRF3和NF-kB入核,产生1型干扰素和细胞因子。

最近的研究表明,cGAS-STING通路的激活与细胞自噬密切相关。在DNA刺激后,STING蛋白与自噬标志物LC3部分共定位【1】。cGAS与Beclin-1通过相互作用促进自噬的发生。这种相互作用抑制cGAS催化活性,从而负反馈调节cGAS-STING通路,以防止该通路的过度免疫激活【2】。同时,STING的Ser-366位点被自噬相关激酶ULK1磷酸化,从而导致STING通过自噬降解【3】。然而这个模型受到挑战,STING上的Ser-366突变为Ala不会影响其降解,而是丧失其激活IRF3的能力【4,5】。因此,cGAS-STING通路如何与自噬的发生的机制还有待进一步的探索。

2019年3月7日,德克萨斯大学西南医学中心陈志坚(Zhijian James Chen)团队在Nature上发表了题为Autophagy induction via STING trafficking is a primordial function of the cGAS pathway的文章(今日Nature上发表的第三篇来自陈志坚教授团队的工作)首次系统性揭示了cGAS-STING通路在细胞自噬中的功能

研究人员发现,使用ISD(interferon stimulatory DNA),HT-DNA,cGAMP,HSV处理BJ细胞(人皮肤成纤维细胞),都能引起LC3被酯化生成LC3-II(细胞自噬的标志)、GFP-LC3点状聚集,诱导自噬的发生。作为对照,作者发现Poly(I:C)(双链RNA类似物,模拟RNA病毒感染)和Sendaivirus (SeV,仙台病毒为RNA病毒)不能引起细胞自噬现象。进一步,通过基因敲除实验发现,DNA刺激引起的细胞自噬依赖于cGAS、STING。

STING 的CTT结构域对于其诱导干扰素功能是必须的。TBK1通过磷酸化STING的S366位点,激活STING通路,产生干扰素。通过TBK1敲除细胞或使用TBK1抑制剂,cGAMP刺激不能激活IRF3,但是仍然能够诱导LC3的酯化。STING的S366A突变体或者STING缺失CTT结构域的变体,也不能激活IRF3,但是依然可以激活自噬。这些结果表明,cGAMP诱导的细胞自噬,不依赖TBK1,是独立于TBK1-IRF3的一个新功能。

进一步,作者通过序列比对分析发现,在低等生物中,STING蛋白是缺乏CTT结构域(下图),比如N. vectensis(海葵,一种长在水中的低等食肉动物) STING和Xenopus(非洲爪蟾) STING。试验表明,cGAMP刺激可以激活N. vectensis STING和Xenopus STING,诱导细胞自噬,但是没有激活TBK1-IRF3。这个结果表明,cGAMP诱导的细胞自噬是cGAS-STING通路一个原始的功能。


上图来自文献【6】

STING通路的激活过程,起始于STING从内质网向内质网–高尔基体中间区(ERGolgi intermediate compartment, ERGIC),再到Golgi的转运过程。使用ER-Golgi转运抑制剂BFA或者GCA,可以同时抑制IRF3的激活和细胞自噬。敲除COPII家族的蛋白,显著抑制cGAMP诱导的TBK1-IRF3激活和细胞自噬。这些结果表明,STING的膜转运过程是激活其下游信号通路的重要步骤。

作者在研究STING转运过程中发现,cGAMP刺激能够引起STING与ERGIC-53(ERGIC标记物)共定位。来自Schekman的研究发现,在饥饿有诱导的LC3酯化反应中,ERGIC是主要膜提供者【7】。作者设计了一个生化实验,检测cGAMP诱导的LC酯化是否需要ERGIC来源的膜。作者使用ATG5敲除的293T细胞作为膜的提供者。在饥饿刺激ATG5敲除的293T细胞后,分离P25的膜组分。当这个组分与野生型细胞的细胞质组分(S100)孵育时,LC3发生酯化反应。重要的是,当使用cGAS刺激细胞后,使用P25的膜组分与S100孵育后,LC3也发生明显的酯化反应。相反,在使用BFA处理的细胞中,其膜组分P25不能诱导LC3的酯化反应。作者使用蔗糖梯度超速离心和Opti-Prep(iodixanol)密度梯度超速离心进一步分离膜组分,结果发现,在富集ERGIC53和SEC22b的ERGIC组分中,LC3出现显著的酯化反应。这些结果直接表明,在cGAMP诱导的LC3酯化反应中,ERGIC是主要的膜提供者。进一步,通过CRISPR技术,作者发现,cGAMP诱导的细胞自噬依赖于WIP2和ATG5,不依赖于经典的自噬相关基因,例如:ATG9,Beclin,ULK1/2。这表明,cGAMP诱导的细胞自噬是一个有别于经典自噬的全新功能

作者最后通过活细胞成像技术发现,cGAMP刺激可以减少细胞内转染的DNA和损伤DNA的积累。作者发现,cGAMP刺激缺失CTT结构域的STING细胞中,HSV、HIV病毒滴度明显降低。通过基因敲除实验发现,病毒清除功能依赖于ATG5,不依赖于Beclin1和TBK1。来自Legionella蛋白RavZ,可以从膜结构上剪切LC3,从而抑制自噬过程【8】。在293T-STING细胞中,cGAMP处理可以降低细胞内病毒滴度。在使用高浓度野生型的RavZ蛋白处理后的细胞中,cGAMP不能清除病毒,相反,使用突变型的RavZ蛋白处理的细胞中,cGAMP则可以显著降低细胞内病毒滴度。综合以上结果,cGAMP诱导的自噬在抗病毒过程中起着关键作用。

DNA通过cGAS-STING通路诱导自噬的模型。

总之,作者通过生化实验,细胞生物学和分子生物学等手段,揭示了细胞自噬是cGAS-STING一个古老而且重要的功能,而且这一功能不依赖TBK1-IRF3以及经典的自噬信号分子。机制上,揭示了STING的膜转运过程以及含有STING的ERGIC膜在cGAMP诱导的细胞自噬过程中起着重要作用。功能上,这一细胞自噬在清除细胞内DNA和病毒发挥了重要作用。本文第一次系统性地揭示了DNA/cGAMP 诱导细胞自噬的分子机制与生物学功能。

据悉,桂翔博士和杨辉博士为本文共同第一作者,陈志坚教授为本文通讯作者。

针对此项研究,BioArt独家邮件采访了陈志坚教授。陈教授总结了该工作的意义,原文如下:Elucidatesthe mechanism by which STING induces autophagy, revealing that autophagy induction by STING is uncoupled from type-I interferon induction by STING, and that the autophagy induction is a primordial function  that precedes interferon induction by STING during evolution.(阐明了STING诱导自噬的分子机制,并且发现该过程与STING诱导的I型干扰素诱导不相关。从在进化上来讲,STING诱导自噬的功能要先于诱导干扰素的功能出现。)

值得一提的是本文在投稿过程中,部分内容被下面三篇文章抢发。

1. Liu, D., et al. 'STING directly activates autophagy to tune the innate immune response.' Cell death and differentiation (2018).

2. Prabakaran, Thaneas, et al. 'Attenuation of cGAS‐STING signaling is mediated by a p62/SQSTM1‐dependent autophagy pathway activated by TBK1.' The EMBO journal 37.8 (2018): e97858.

3. Moretti, Julien, et al. 'STING senses microbial viability to orchestrate stress-mediated autophagy of the endoplasmic reticulum.' Cell 171.4 (2017): 809-823.

原文链接: 

https:///10.1038/s41586-019-1006-9

参考文献


1. Saitoh T. et al. Atg9a controlsdsDNA-driven dynamic translocation of STING and the innate immune response.Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Dec 8;106(49):20842-6.

2. Liang Q. et al. Crosstalk between thecGAS DNA sensor and Beclin-1 autophagy protein shapes innate antimicrobialimmune responses. Cell Host Microbe. 2014 Feb 12;15(2):228-38.

3. Konno H. et al. Cyclic dinucleotidestrigger ULK1 (ATG1) phosphorylation of STING to prevent sustained innate immunesignaling. Cell. 2013 Oct 24;155(3):688-98.

4. Liu S. et al. Phosphorylation ofinnate immune adaptor proteins MAVS, STING, and TRIF induces IRF3 activation.Science. 2015 Mar 13;347(6227).

5. Tanaka Y. et al. STING specifies IRF3phosphorylation by TBK1 in the cytosolic DNA signaling pathway. Sci Signal.2012 Mar 6;5(214):ra20.

6. Margolis SR. et al. EvolutionaryOrigins of cGAS-STING Signaling. Trends Immunol. 2017 Oct;38(10):733-743.

7. Ge L. et al. The ER-Golgiintermediate compartment is a key membrane source for the LC3 lipidation stepof autophagosome biogenesis. Elife. 2013 Aug 6;2:e00947.

8. Choy A. et al. TheLegionella effector RavZ inhibits host autophagy through irreversible Atg8 deconjugation. Science. 2012 Nov 23;338(6110):1072-6.

善良的人们啊!

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