[转载]安捷伦外显子捕获文件下载

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原文地址：安捷伦外显子捕获文件下载--Agilent SureDesign Human All Exon V5作者：桃之夭夭

做全外显子捕获数据分析，也就是现在常见的外显子分析，都涉及到要下载目标捕获文件，用来计算捕获效率，覆盖度等。而且GATK流程里面有很多步骤有一个 -L 的参数，interval的意思，其实就是所谓的这个目标捕获区域文件，文件格式为BED格式，后面会另开博客专门介绍常见文件格式。

不同实验室或公司建库用的试剂盒不同，所以下载的网址和方式也不同。这个博文中介绍的是安捷伦的捕获文件下载，用illumina的可以绕道去别地找找了。

首先，当然是网址了，找了挺多资料终于扒到它。。。。https://earray.chem./suredesign/index.htm?sessiontimeout=true ，打开后有一个login的对话框，首次登陆当然是要注册的了，然后就register吧，按照instruction一步步走，最后login进去，页面如下图所示，什么也没有对不对，鼠标移到箭头所指的find designs 然后点击下拉菜单中的SureSelect DNA就可以了，也就是不要自己设计，外显子公司已经早设计好了。

 

点进去后，发现是下面这个界面，哇塞，有各种版本的耶，V5是我们现在用的，就是红色框框里面那个，哎呀，居然有download链接。。顿时欣喜若狂，感觉到巅峰。。。

Buuuuuut, 点开后，尼玛居然是这么个玩意，看看下图，晕了吧，说好的bed文件居然有四个，仿佛感觉自己被掏空。。。不得不再经过一番查证。最终本人认为是红框框里面那个，好了，你们可以勾选上，点击下载了。。然后我慢慢道来，这些文件究竟是何方妖孽。。

 

[design ID]_all_tracts.bed 是包括了其他三个bed的所有信息的。所以只需要理解其他几个文件保存的是什么就ok了。

[design ID]_Regions.bed 包含了安捷伦试剂盒用来选择引物的目标区间。可以用来在选择引物时，程序得到的精准区间。。。讲真，我也不知道在说什么。

[design ID]_Coveraged.bed 包含了一个或多个引物覆盖的区域，然后这个可以用来估计coverage metrics，诶，，虽然不很很明白建库那一套，但是这个信息给了很明确的指示，应该就是这个没错了。

[design ID]_Padded.bed 我自己理解就是一些区域中间的连接片段啥的吧，我不负责这个说法，，纯属猜测。

关于这些文件的英文解释，可以参考下这个网页里面给的解释，https://www./p/5187/，懒得看英文的就凑合参考下我对这几个文件的理解。

Enjoy~~~~~~