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此前白介素同学写过一些关于 RNA-seq数据的网络分析神器，又名碉堡的神器系列： 私下还有小伙伴批评我用词不雅，这次就改称网页版神器好了。还写过一期关于单细胞测序数据分析工具： 主要是集中了主流的分析软件。但是，To our knowledge, 目前为止还没有关于单细胞测序数据分析的网页工具，这次白介素同学分享一个重磅网页版神器，这里的RNA-seq，不仅仅是RNA-seq，还包括 scRNA-seq，即小张老师们此前预言的2019单细胞测序迎来大爆发：自己做不起单细胞测序，别担心有数据库可以用啊！。 不多说了，来欣赏一波进化版的网页神器吧，首先也是看下大体长啥样： 这就是基本的界面了，非常简洁干净，嗯，深得白介素同学喜欢呀( '我就是喜欢简约大方呀，恭喜你选对了') 。下面进行操作演示了，由于操作都是一样的，于是白介素同学就直接选用单细胞测序数据进行测试了： 然后咱们点击提交，具体时间要看你的数据量，数据量小的相对比较快，然后就进入了第二个分析界面，以及它所能完成的一系列秀操作了。 好，下面开始正式秀操作了，包括样本相关性聚类图，PCA， MDS,以及最近非常流行的 tSNE，热图流行好久了，还有聚类，因为根本不需要多余的动作，点进去就能看，白介素同学就直接展示下看看有哪些图了。 样本相关性聚类图 tSNE 流行很久的热图 某种不知名算法的聚类，具体细节就不多说了，感觉用的不是特别多，但是图还挺酷的： 好，下面要敲黑板了！ WGCNA这种比较高级的分析（WGCNA新手入门笔记（含代码和数据）和WGCNA新手入门笔记2（含代码和数据）），据白介素同学所知，还没有见过哪个可以直接用网页工具点击做的吧？？但是，咱这个能做，这就比较毒了吧？下面秀操作： WGCNA的样本聚类图 WGCNA基因模块 还有一个很漂亮的图，一般会放在论文里的，可以直接下载哈; 接下来的功能就是差异基因分析了，这个大家比较常规了，也大体展示下能得到哪些结果，白介素同学保证，操作绝对是简单得不能再简单了。
下面坐等收获成果了，小样本比较快的。
基本上到此为止，一套常规的分析就完成了，学习成本非常之低了! 白介素同学此前也说过，越来越多的网络轻工具在降低我们常规分析的门槛，帮助无生物信息背景的小伙伴分析数据，毕竟RNA-seq这样的技术方法已经飞入百姓家了嘛。怎么样，3分钟感觉是差不多了哈。 本神器芳名IRIS-EDA（http://bmbl./IRIS/），关于本网页版神器的学术论文发表在 PLoS Comput Biol 杂志。 附上参考文献： MonierB, McDermaid A, Wang C, Zhao J, Miller A, Fennell A, et al. (2019) IRIS-EDA: An integrated RNA-Seqinterpretation system for gene expression data analysis. PLoS Comput Biol15(2): e1006792.
题外话 说句题外话，上期的关于：如何显示代表论文参考文献的全名？如何用endnote显示代表论文的全名？ ·感谢政委霄同学提供的方法是显示全部作者，这个不是上期的核心问题，我们的要求是解决：作者姓名的全称 , 例如： Xiao Zhengwei · 感谢 Laobai同学提供链接，测试了一下，没有达到预期效果，不知道具体操作，是否只有重新导入的参考文献有效吗？ · 回复不知道改成什么呢：accepted。
白介素同学祝大家学习愉快! 下期预告：网页版神器系列04 |
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