R语言 | 读取较大的excel文件

从miRTarBase数据库上下载了经试验验证的miRNA靶基因信息，.xlsx后缀文件，也就是常说的excel文件，文件大小23.5M。

在使用xlsx包读取该文件时报错：

Error in .jcall('RJavaTools', 'Ljava/lang/Object;', 'invokeMethod', cl, :java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space

如字面意思，内存不足，但电脑还有超过3G的内存空间...

方法1：

为其分配更多的内存

https:///questions/34624002/r-error-java-lang-outofmemoryerror-java-heap-space

使用 options 函数修改设置。注意，该命令需要在加载 rJava 或 xlsx 包之前执行，故推荐重启R，然后运行：

1. options(java.parameters = '-Xmx8000m')

2. p_load(xlsx)

此时再读取'.xlsx'文件则不会报错，但是读取文件时仍需要花费大量时间和内存资源，且不一定能顺利解决问题！

方法2：

打开'.xlsx'文件，另存为'.csv'格式，再使用 read.csv 函数进行数据读取！

database = read.csv('filename.csv', h = T)

方法3：

使用readxl包中的 read_excel 函数，根据文件名后缀自行判断是 .xlsx 还是 .xls 文件并相应读取：

1. p_load(readxl)

2. read_excel('filename.xlsx', sheet = 1, col_names = T)

相对来说，方法3的执行更简便、速度较快、且占用资源少，推荐使用！

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