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资源链接提要 文献搜索数据库： UpToDate: http://www. PubMedMeSH:http://www.ncbi.nlm./mesh Stork: https://www. MyNCBI:http://www.ncbi.nlm./sites/myncbi/ 文献综合分析软件： GoPubMed:https://www./web/gopubmed/ PALMIST:http://www.hpppi.iicb./ctm/palmist_server.html 文献阅读与管理工具： F1000:https:///work/registration UpToDate 是一款基于询证医学的临床诊疗知识库，收集了非常多临床医学相关的词条，可以说是“临床医学中的维基百科”。其中的每一条词条都由相关领域的专 家（大多是 MD）编写，参考新的循证医学证据、经过同行评议，并且定期更新。其中一部分词条还有中文翻译方便查阅：中文翻译由国内相关领域的专家完成，但是 版本可能略滞后。 UpToDate 数据库是一个付费数据库，中日友好医院和清华大学均购买了该数据 库，因此在医院的 IP地址下直接访问即可（网址是 http://www.）。除网 页版之外，UpToDate 还有移动端可以使用。在微信中直接搜索公众号“UpToDate 临床顾问”即可访问，同样只要在医院的 IP范围内就可以使用了。 除此之外，UpToDate 上还能找到各种临床常用的计算器，如 BMI、PSI 评分、 肌酐清除率等，也可以方便临床使用。 对于临床工作的医生而言，UpToDate 搜集整理了大量文献证据，节省了大量查 阅文献的时间；对于基础科研工作者而言，通过 UpToDate 可以快速了解临床医学中 某个领域的内容，对研究很有帮助。 对于临床医生和生物医学研究者来说，由美国国立医学图书馆开发的 PubMed 是 平时搜索文献必不可少的工具（https://www.ncbi.nlm./pubmed ）。但是在检 索 PubMed 的时候，可能经常遇到的问题是检索出的大量文献与自己想要的主题无关（“检索不准”）。使用 PubMed MeSH主题词表进行搜索可以一定程度上避免这个 问题。 通常我们在检索时，都是直接将关键词键入检索框内，然后 PubMed 在文章的全 文、摘要、作者提供的 keywords 等信息中搜索输入的关键词，将匹配的文章呈现出来。由于自然语言的多样性，同一个意思可能由多个词表示，同一个词在不同语境下也可能有多个含义，因此我们输入的自然关键词可能会检索出很多其实我们并不想要 的东西/漏掉一些重要的资料。 为了解决这个问题，NLM（美国国立医学图书馆）编制了一套标准医学主题词表 （Medical Subject Heading, 简称 MeSH）。NLM 会定期更新这套主题词表，并且由 专门的图书馆员在阅读全文后对每一篇收录的文章进行编目（每一篇 PubMed 文献底 下都有一个下拉菜单，点开就能看到相应的 MeSH主题词）。因此，直接用 MeSH进 行搜索可以大大提高检索的准确率。 如何用 MeSH主题词表进行检索呢？ 我们首先需要将自然语言关键词转化为 MeSH 标准主题词。具体方法是将我们的 关键词进行拆分，然后依次输入 MeSH检索框中（http://www.ncbi.nlm./mesh）。例如，我想搜索“人偏肺病毒的噬斑实验方 法”，分别键入“human metapneumovirus”和“viral plaque”两个自然语言关键 词，得到的 MeSH标准主题词是“metapneumovirus”和“viral plaque assay”（参 见附件 pdf 中的截屏，可能更清楚一些）。 如果有进一步的需要，每一个 MeSH主题词下面都有更加详细的分类可以选取， 使检索更精确例如 metapneumovirus/virology，viral plaque assay/methods 等。 得到了 MeSH标准主题词之后，下一步是将主题词用逻辑符号连接起来构成检索 式。这一步和普通检索类似，但需要注意在关键词后面需要加上限定语[Mesh]，并且 注意词组需要用引号 ”” 括起来。 例如：('Metapneumovirus'[Mesh]) AND 'Viral Plaque Assay'[Mesh] 当然，也可以直接利用网页右侧的 PubMed Search Builder 直接构建检索式，更 加简便。在不关闭页面的情况下，可以添加多个关键词。 我做了一个实验，用 MeSH主题词搜索“人偏肺病毒的噬斑实验方法”可以搜到 6 篇文献，并且基本都与我的目标相关；但如果用原始的方法直接键入 metapneumovirus viral plaque 的话得到 19 篇文献，其中许多与我的本意不相关。其 中原因，感兴趣的话对比一下两者的搜索式很容易就能看出来（英文里 plaque 除了病 毒噬斑-viral plaque 之外，还有牙菌斑-dental paque 等意思，一并搜索了，当然有很 多不相关文章啦 O(∩_∩)O哈哈~）。 不过需要注意的是，MeSH 提供的只是文献的查准功能；因为其严苛的搜索条件 可能会漏掉一部分文章，如果要查全的话建议使用其它策略。 用?来代替有长度限制的字符：如 reali?e 可以替代 realize 和 realise，解决英美 拼写方法不统一的问题。 用*来代替长度不限的字符：如 bacteri*可以代替 bacteria, bacterial, bacterium… 等等，解决词缀不同的问题。 用 ” ” 将词组括起来可以作为整体进行搜索。 注意用 () 调整检索语言的运算优先级。（有点类似于加减乘除的括号） 检索完成后，左栏可以设置 filter 进一步精选文章，如文章类型（review, systematic review, meta-analysis）、出版时间、语言等。 当想要长期跟踪一个领域的进展，但又不想定期手动检索 PubMed 的时候，可以 使用这两个工具进行关键词订阅。这两个工具会定期检索 PubMed，如果有新文献则 以邮件方式进行提醒。 使用 My NCBI 时，需要在 PubMed 上进行注册登录，并进入网页右上角的 My NCBI（http://www.ncbi.nlm./sites/myncbi/）。在 Saved Searches 中设置检索 关键词和更新频率即可。 Stork 的中文名是文献鸟（https://www.），是一款免费的第三方搜索 引擎。在注册之后设定检索关键词和更新频率即可，会定期收到来自 Stork 的文献更 新。与 My NCBI 相比，Stork 在更新邮件中会标注文章的杂志名称、影响因子、JCR 分区等信息，帮助判断是否值得点开阅读。另外，Stork 还有一些付费功能（自动翻译 摘要等），可以根据需要选择。 是一款自动分析文章摘要的工具，适合于快速了解某一个新的领域 （http://www.hpppi.iicb./ctm/palmist_server.html）。它的搜索方式与 PubMed 类似，在得到搜索结果后，它会自动获取这些文章的 abstract，并且提取其中的关键 词进行分析。PALM-IST 提取的关键词种类包括： · Genes · Author’s Network · Drugs · Diseases · Interaction from Text · Abstract 如果想快速了解和一个疾病相关的基因有哪些，或者和一个蛋白相关的疾病有哪 些，或者从事一个领域研究的大牛都有谁，PALM-IST 都是一个不错的工具。 另一个实用的工具是 GoPubMed（https://www./web/gopubmed/） 但是目前在国内无法访问。 与常用的文献管理软件 Endnote、NoteExpress、Refworks 不同，F1000 Workspace 是一款在线文献管理工具，它的特点是能够以插件形式和浏览器相结合， 在网页中阅读文章时就可以完成收藏文章、添加注释等功能。同时 F1000 也有 word 插件可以在写文章时直接添加参考文献，也能导出文献至 Endnote 进行后续操作。 F1000 的 word 插件还有一个实用的功能是 smart citation，即根据前面所写的一句话智能推荐可供引用的文献（当然建议还是要再人工复查一下，一般只是用于忘了 在哪里读到某个观点的情况，不能自己瞎编呀~），但是很遗憾这个功能近变成了付 费使用。如果有需要可以自行查询。 F1000 Workspace的注册地址是 https:///work/registration。完成注册 后可以安装浏览器适配的插件，之后会有一个 F 出现在地址栏旁边。（具体参考附件 的 pdf 截图会更清楚一些） 在阅读文献时，可以点击 F 图标进行收藏文献。成功收藏之后，当选中一段文字 时，就会出现一个蓝色的 F 按钮，点击之后可以进行标注、添加注释。当下一次再读 到这篇文章时（无论出现在 PubMed、杂志网站，还是网页版 pdf 里），之前所做的 注释都会被保留，非常方便。 在这里抛转引玉介绍了一些实用的文献检索软件和资源。每个人都有自己习惯的检索方式和喜欢的工具，只要适合自己就是好的！希望这里的分享对大家有所帮 助。也欢迎各位老师同学批评指正、多多交流！ 资料来源 匹兹堡大学医学图书馆-文献检索课程：http://hsls./literatureinformatics 清华大学图书馆：http://lib./ 作者：徐九洋 清华大学医学实验班 审阅：曹 彬 中日友好医院
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