KM Plotter作为预后分析神器,常规在线提供了四大肿瘤(乳腺癌、卵巢癌、肺癌和胃癌)特定基因的分组生存分析 。 http:///analysis/ 不久前,又添加了肝癌的RNA seq 和miRNA的表达基因的生存分析,添加了乳腺癌的miRNA的生存分析。 上周,KM Plotter再次更新了肿瘤种类,并添加了pan-cancer的mRNA和miRNA分析。这简直就是福音啊! 涵盖肿瘤类型20种,病例数7489例。 目前来看,泌尿系统肿瘤,头颈部肿瘤,肝脏肿瘤,胰腺癌,胃肠肿瘤和甲状腺肿瘤均已初步上线。 缺少预后验证的同学们可以有机会再添一张新figure了。 后续KM Plotter还会继续更新和完善pan cancer分析的相关亚组和数据分析流程。 惊不惊喜?意不意外? 好,我带着大家来骚操作一下试一试哈。 (1)把冰箱门打开-打开mRNA的Pan-cancer 出来的界面是这样的,你可以选择某个基因或者多个基因(multiplegenes) (2)输入多个基因gene symbol (3)选择肿瘤类型→进行生存分析绘制 选择你感兴趣的肿瘤类型,可以多选的 点击Draw KM plot 一分钟过去了。。。。。。 五分钟过去了。。。。。 等待了5、6分钟,终于分析好了 (4)把大象取出来,下载生存分析的图 因为这里面是多个基因在20多个肿瘤中的分析,那么也就意味着有N*20个生存分析的图,这里面要求你自己一个一个去查找。 ①怎么查?按ctrl+F键,输入你感兴趣的基因名字 看见右边的那些黄色横线了吗,那就是PANK3这个基因在每个肿瘤中的生存分析图的位置 你只要把滚动条放置在每个地方,就能看到该基因在不同肿瘤中的生存分析图 也可以下载PDF版的生存分析图 赶快动手吧,自己动手丰衣足食! 基金、数据库、科研辅导群 扫微信,备注:入群学习 从以下20个热点入手,每天给大家分享干货:
而这些研究方向参与疾病发生发展过程的分子机制,可以归纳总结为一下几类研究: ①分子(DNA、RNA、蛋白质、小分子)的表观遗传修饰; ②分子拷贝数的表达变化差异; ③RNA分子的剪接加工、出核、细胞组织水平的时空变化研究; ④特殊的一群细胞类型研究、细胞通讯微环境研究; ⑤具有临床应用潜力的新技术(CRIPSR)或者载体(膜结构、细胞等); ⑥关注细胞生理学现象:自噬、凋亡、线粒体失功等; |
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