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预后神器KM plotter 惊现 Pan-cancer分析,惊不惊喜?

 小梦想在努力 2019-04-03

KM Plotter作为预后分析神器,常规在线提供了四大肿瘤(乳腺癌、卵巢癌、肺癌和胃癌)特定基因的分组生存分析 。

http:///analysis/

不久前,又添加了肝癌的RNA seq 和miRNA的表达基因的生存分析,添加了乳腺癌的miRNA的生存分析。

上周,KM Plotter再次更新了肿瘤种类,并添加了pan-cancer的mRNA和miRNA分析。这简直就是福音啊!

涵盖肿瘤类型20种,病例数7489例。

目前来看,泌尿系统肿瘤,头颈部肿瘤,肝脏肿瘤,胰腺癌,胃肠肿瘤和甲状腺肿瘤均已初步上线。

缺少预后验证的同学们可以有机会再添一张新figure了。

后续KM Plotter还会继续更新和完善pan cancer分析的相关亚组和数据分析流程。

惊不惊喜?意不意外?

好,我带着大家来骚操作一下试一试哈。

(1)把冰箱门打开-打开mRNA的Pan-cancer

出来的界面是这样的,你可以选择某个基因或者多个基因(multiplegenes)

(2)输入多个基因gene symbol

(3)选择肿瘤类型→进行生存分析绘制

选择你感兴趣的肿瘤类型,可以多选的

点击Draw KM plot

一分钟过去了。。。。。。

五分钟过去了。。。。。

等待了5、6分钟,终于分析好了

(4)把大象取出来,下载生存分析的图

因为这里面是多个基因在20多个肿瘤中的分析,那么也就意味着有N*20个生存分析的图,这里面要求你自己一个一个去查找。

①怎么查?按ctrl+F键,输入你感兴趣的基因名字

看见右边的那些黄色横线了吗,那就是PANK3这个基因在每个肿瘤中的生存分析图的位置

你只要把滚动条放置在每个地方,就能看到该基因在不同肿瘤中的生存分析图

也可以下载PDF版的生存分析图

赶快动手吧,自己动手丰衣足食!

基金、数据库、科研辅导群

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从以下20个热点入手,每天给大家分享干货:

1miRNA非经典机制11肠道菌群
2lncRNA的10种机制12细胞自噬
3circRNA13细胞焦亡、铁死亡
4ceRNA14间充质干细胞
5转录因子15肿瘤干细胞
6可变剪接16外泌体
7SNP17氧化应激
8泛素化修饰18调节性T细胞
9组蛋白修饰19RNA甲基化修饰
10蛋白激酶和磷酸酶20肿瘤微环境

而这些研究方向参与疾病发生发展过程的分子机制,可以归纳总结为一下几类研究:

①分子(DNA、RNA、蛋白质、小分子)的表观遗传修饰;

②分子拷贝数的表达变化差异;

③RNA分子的剪接加工、出核、细胞组织水平的时空变化研究;

④特殊的一群细胞类型研究、细胞通讯微环境研究;

⑤具有临床应用潜力的新技术(CRIPSR)或者载体(膜结构、细胞等);

⑥关注细胞生理学现象:自噬、凋亡、线粒体失功等;

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