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文章来源于：sci666 一入江湖终不悔，奈何高人这么多。各位科研芝士的朋友，大家好，又见面了，今天我们继续分享关于TCGA数据下载的专题，前面我们分别介绍了基于TCGA官网下载RNAseq数据，基于UCSC-XENA下载TCGA的RNAseq数据。 这次我们继续给大家推荐轻轻点击鼠标下载TCGA的网页版工具—-cBioportal工具，这是一个专业分析TCGA数据的网站，相信很多肿瘤研究方向的老师同学都不陌生。网站在TCGA数据可视化中做的很不错，可以直观的看到数据以图和表的方式呈现，帮助大家更好使用TCGA这个资源丰富的数据库。 我们之前写过一篇懒人如何分析TCGA数据之cBioportal网站，内容侧重于分析基因的预后生存，突变，拷贝数变异等信息，这篇推文侧重于如何通过cBioportal下载TCGA的RNAseq数据及临床信息。 下面我们就进入正题，网站主页是这样的：  1 cBioportal网址 http://www./index.do 最新的cBioportal进行了更新，增加了一个Quick Search按钮，可以快速的进行数据检索，那我们先看看该数据库的使用。 2 先点击Query，进入该界面，接着点击2处的数据来源  3 点击TCGA provisional，进入TCGA数据站，会出现下面的界面。  可以看到一共有32个TCGA数据集，我们点击第一个肾上腺皮质癌，点击进去， 点击view summary  便会出现下面的界面  可以看到主要是包括了CNV的信息和Matution信息，Mutation 按照突变频率进行了排序，可以看到在肾上腺皮质癌中ZFPM1突变频率最高，CNV主要涵盖了两类分别是del和amp。当然还有一些生存曲线的图形。 4 点击Clinical Data 进入该疾病的临床数据存储站，出现下面的界面，点击下载按钮，便可以下载该数据。  可以看到在右侧的Active Data Hubs 包括了很多，不仅涵盖了TCGA还包括ICGA，Pan-Cancer Atlas Hub等数据节点。因为我们是研究TCGA，我们只需要选中TCGA就可以了。 5 前面说了这麽多，还是没有讲到TCGA的RNAseq数据的下载，那我们来看一下怎么下载，首先我们点击data sets，进入下面的界面。  6 接着我们找到Adrenocortical Carcinoma (TCGA, Provisional)，进行数据下载  下载之后的数据如下，是一个压缩包，我们继续解压，发现包含的数据，很多，真的是一次下载多次使用。  RNAseq的数据类型有两种，选择一种即可。我们发现我们下载的数据不仅包括了RNAseq数据还包括其他各种数据，比如突变数据，450K甲基化数据等，几乎就是把一种疾病的所有类型数据全部给下载了。 7 除此之外，我们还可以下载关键通路上的基因的表达信息，一顿操作猛如虎，如下1-7个步骤，可以下载AR信号通路上的10个基因的表达信息， 选中Transpose data matrix， 便可以使得下载的数据为表达矩阵的格式：   结果文件如下， 行是样本名，列是基因名： 8 仔细观察cBioproal，还提供了R包，来调用数据 OK，今天的教程主要是带大家体验TCGA的第三种非编程数据下载方式，下期我们继续推出TCGA的第四种方式下载，今天的数据下载先讲到这，下期再见。 |
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