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解螺旋公众号·陪伴你科研的第1815天 我们又开新坑啦~ 有一个感兴趣的miRNA，如何找到靶基因？不用猜，starBase帮你筛！（http://starbase.） 例如2019年1月JCI报道了miR-155这个miRNA与肿瘤免疫有关，现在想看看这个miRNA有哪些靶基因？如何操作？ 1. 在网站的左侧栏找到如下图的过滤器，输入miRNA名时无须考虑大小写即可搜索到该miRNA。 2. 以下步骤则是通过添加多种数据条件设置对靶基因进行过滤筛选。先看通过其他组学的数据进行筛选，如CLIP、降解组学、Pan-Cancer。CLIP Data和Degradome Data，这两个选项设置得越严格，筛选出来的结果越少。 Pan-Cancer选项中，设置的肿瘤数表示该interaction至少要在N个肿瘤中存在，设置的数值越大，筛选出来的结果也会越少。 3. 以下步骤则是通过预测软件条件设置对靶基因进行过滤筛选。Program Number表示该interaction要在至少在N个软件的预测结果中存在，设置的数值越大越严格。 Predicted Program展示的都是知名预测软件，可以自己选择几个过滤，默认条件是将7个预测软件的预测结果都纳入到统计中。 最下面的一个选项则根据自己的需求添加，如果想看这个miRNA与自己感兴趣的一个基因间是否有interaction，则输入基因名；盲筛寻找靶基因的时，则空着如下就行。 点击submit后结果如网页展示如下图： 操作到这里，就可以找到这条miRNA可能能靶向的基因了，可以对结果进行搜索，看看是否有你感兴趣的基因。 在结果展示框中，点击GeneName下黄色框则可查看详细信息如图： 点击预测工具名下的黄色框框，可查看详细信息如下图所示，绿色框框表示该软件认为miRNA和靶基因没有interaction。 点击上图中的【11】，展示如下图所示的结果： 操作就到这里了，这个工具用熟练了就很方便地根据多个数据和软件进行筛选。祝大家筛选顺利！ 相关文章  —END— 以上扫码价格还包含一年酸谈学社看课权限，如已是解螺旋40周学习计划学员，可直接在选修课列表购买礼包，价格是原价的2.5折。 点下“在看”，多根头发 |
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