在自己的研究工作中,经常会遇到一些需要对Gene ID进行转换的情况。目前存在着大量的生物信息数据库,每个数据库都有自己定义的ID命名规则,转换起来实在是一个很大的工作。举个例子,之前构建的Human PPI network, 共选用相关数据库有6个,其中对于蛋白的命名相关的形式多达近10中,耗费了一个多月的时间才完成此ID归一化的过程。当然这个过程中是借助相关的Gene ID Coversion Tools。 下面就对生物信息中用到的IDs Conversion的相关工具进行列举: 1.BioDBnet: https://biodbnet-abcc./db/db2db.php 2.Retrieve/ID mapping(Uniprot): https://www./uploadlists/ 3.DAVID: The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discover http://david.abcc./conversion.jsp . 挺强大的一个工具,不过可能就是速度有点慢...还有一个缺点就是数据不能及时更新。 4.Biomart: http://www./biomart/martview/65c2ea6c079d1b85820fa5bbf5af62b5 这是一个绝对不错的东东,定期发布新版本,而且可以将数据下载到本地进行操作,推荐一下... 5. Hyperlink Management System (HMS): http:/// 6.. BridgeDB: http://www./1471-2105/11/5 更多其它可参考资源: 1. http://www./post/show/22/gene-id-conversion-tool/ 2. http:///NewsGen/08-2009/000020.html |
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