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疾病研究中，很多研究者都在收集临床样品，然后做组学筛选差异的分子。以期寻找新的诊疗靶点。 有研究者觉得，很简单，就是收样品做组学；有研究者觉得，做了组学，没啥用；也有研究者，从中筛选到好的候选靶点。 临床样品筛组学，有哪些注意点呢？以提高我自己研究课题的成功率。 对于一个特定的临床问题，收集什么样品是合适的？用什么组学是合适的？这两个问题有很多专家及文章都在探讨。我们今天探讨一个高分文章没有明确说的点。 先讲讲故事。 故事一 十多年前在复旦读博，学校里做研究都是擅长基础研究方向的，细胞功能，基因功能及相互关系等等。课题组有几个课题，细胞学功能和分子关系结果很漂亮，因为细胞功能是在肿瘤细胞上做的（肿瘤细胞株多，容易操作），所以，就认为是很好的肿瘤相关基因。托人找关系，收集到临床样品，组化一检测，发现癌和癌旁没区别。 跟一个主任讨论课题，主任说，“季老师，你们科研做得很好，但如果这个基因在我研究的疾病中没有差异，哪怕发nature，对我的临床问题来说还是零。”感谢这位主任，让我早早就意识到临床研究中，一定要重视基因的临床相关性。 故事二 组学技术发展很快，临床医生最大的资源就是临床问题和临床样本。有主任收了样品，做了组学。然后让学生挑差异基因深入做功能。发现，临床差异基因，在细胞上不一定有类似表现。这个地方，就是师兄师姐延期毕业的原因之一。嗯，其实也包括我们自己。 两个故事，两种类型，两个问题。或者说，我研究的基因需要同时具备两个性质，1、临床相关性-在疾病中有差异；2、细胞上与临床上改变一致。 高分文章中的基因都具备这两点，只是很少有文章说我是用什么策略筛选出来的。比如前面分享文章中的nature基因（Nature：胰腺癌新药靶研究的突破）。 给建议大家一个筛选策略。 一、临床样品组学筛选 收集临床样品，进行组学筛选。获得差异基因listA。ListA基因就具备临床相关性性质。 这里，如果收集不到人的样品，用动物模型的样品代替。 二、细胞建模组学筛选 1、细胞模型 查高分文献，我研究的临床问题，高分文献公认的体外细胞模型是什么，用什么条件构建细胞的疾病模型的。选择相对我来说，具备可行性的条件，建立细胞疾病模型。 2、组学筛选 选择与临床样品筛选一致的组学，进行差异基因筛选。（建议同时进行，减少实验批次间的偏差。）获得差异基因listB。 ListA与ListB基因取交集，获得listD基因。listD基因，a、具备临床相关性性质，有临床意义；b、细胞疾病模型中的改变行为与临床样品中一致，说明，该基因在此临床问题中采用此细胞疾病模型研究开展研究，是合适的。 这个地方补充一点。有的时候，有老师手上是有研究的药的。这里细胞的组学，做3组。正常组、建模组、建模加药组。做组学筛选。寻找3组间“山”字型和“凹”字型改变的基因。这样有什么好处呢？疾病中及建模中改变的基因，不一定是疾病进程的“因”，也可能是“果”。而加药后再改变的数据，可以把一部分“果”排除掉。提高我后续研究的成功率。 三、修饰组学筛选 以往很多研究者把listD基因继续进行功能筛选，不少人反馈，拿到很好的创新性基因，但文章总是上不到10分以上。 研究中，创新性是第一位的，在有创新性的基础上再看重要性，而重要性体现在机制。（具体参看“如何从5分文章到10分以上文章”） 所以，如果课题设计之初就开始考虑机制的重要性及深度，那么在一开始就把修饰组学加上。 这里，建议是先做磷酸化蛋白组。细胞内传递信号最主要的方式就是磷酸化调控。而激酶，是经典的药物靶点。是我们疾病研究中的候选诊疗靶点。 1、样品 a、临床样品 优点是临床意义大，后续扩大临床样品验证阳性率高。 缺点是，临床样品个体差异大，影响因素多。数据偏差可能大。（临床样品做磷酸化蛋白组，由于技术的限制，不能超过10个检测样品。） b、细胞建模样品 优点是，细胞建模条件稳定。数据组内均一性好。 缺点是，可能与临床样品的差异不一致。 这里，选择的优先级是，临床样品和细胞建模样品都做；只做临床样品；只做细胞建模样品。 进行修饰组学的筛选，获得差异基因listC。ListC与listD跨组学分析，拿listE。 ListE基因，a、具备临床相关性性质，有临床意义；b、细胞疾病模型中的改变行为与临床样品中一致，说明，该基因在此临床问题中采用此细胞疾病模型开展研究，是合适的。c、后续研究以磷酸化调控为机制，往10分以上文章进行设计。 前面分享的最新的几篇nature文章，研究的基因其实都具备这3个条件。 |
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