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髓系肿瘤中88种基因突变筛查(NGS,全外显子)

 生物_医药_科研 2019-05-13

目前,临床上对恶性血液肿瘤的诊断采用“MICM”,即形态学(morphology)、免疫学(immunology)、遗传学(cytogenetics)、分子生物学(molecular)对患者进行综合诊断及预后分层。近十年来,我们了解到白血病的克隆演变是一个顺序性的、多步骤、多基因的突变过程。对于髓系肿瘤的预后及病因探寻需要检测多种基因,二代测序(NGS)相较于一代测序可同时检测成千上万个基因突变,测序深度远高于一代测序的同时,还具有相对定量等优势。

目前,二代测序技术在血液肿瘤的辅助诊断、预后分层、用药指导等方面取得了爆发式的进展,通过二代测序技术检测血液肿瘤患者基因突变已成为NCCN指南、欧洲白血病网(ELN)的推荐,而我国在2018年11月也制定了《二代测序在血液肿瘤中的应用中国专家共识(2018年)》。

NGS在血液肿瘤中的重要应用

1.辅助诊断:2016年WHO髓系肿瘤分类在AML伴重现性遗传异常分类亚型中定义了3个与基因突变有关的类别:AML伴NPM1突变、AML伴CEBPA双等位基因突变及暂定类型AML伴RUNX1突变。JAK2、CALR及MPL基因突变也成为MPN诊断的主要标准之一;在MDS伴环状铁粒幼红细胞的诊断标准中,对于骨髓环状铁粒幼红细胞≥5%但<15%的患者,如其存在SF3B1基因突变则也归于此亚型;BRAF V600E突变可作为鉴别HCL变异和其他B细胞白血病或淋巴瘤的可靠分子标记;

2.预后判断:AML是高度异质化的疾病,随着临床数据的不断积累,人们发现在当前“MICM”评估分层中,患者预后仍存在很大的差异。正常核型的AML患者并非都是中危的,也有部分是低危或高危的。NGS结果表明,正常核型AML患者存在大量基因突变,不同基因突变组合决定其预后是不同的。

3. 指导治疗:目前已有基于突变基因的靶向药物应用于临床或处于临床试验阶段,其中FLT3、IDH1/2、BRAF 及 JAK-STAT 信号通路相关的突变基因已有靶向药物上市;另一方面,基因突变,例如TP53、ABL激酶突变,可以导致对某些药物的敏感或者耐受,及时检测有助于治疗方案的调整。

4. 微小残留病的监测:基因突变是MRD监测的分子标志物之一。虽然实时定量PCR方法和流式细胞学是目前主流的 MRD 监测方法,但是由于NGS灵敏度随测序深度加深可进一步提高,在MRD监测方面具有更大的优势。

5. 克隆演变监测:血液肿瘤在发展过程中会伴随动态的克隆演变,或是基因突变负荷的改变,或是新的突变基因的出现,及时监测基因改变,有助于了解疾病进展并调整治疗方案。

髓系肿瘤88种基因突变筛查(NGS,全外显子)

Panel攘括了血液肿瘤诊断、预后及指导治疗相关的88个基因,基因集合了国内外血液病临床专家推荐检测的热点基因(NCCN、ELN及中国共识基因)。

采用杂交探针捕获法检测每个基因全外显子区域保证了建库的质量;

测序平均深度在1500-2000X,确保1%以上突变检出率;

临床应用

1

急性髓细胞白血病(AML)精确预后分层与治疗方案决策支持;

2

急性淋巴细胞白血病(ALL)精确预后评估及治疗方案决策支持;

3

骨髓异常增生综合征(MDS)精确预后评估及治疗方案决策支持;

4

骨髓增值性肿瘤(MPN)辅助精确诊断及预后评估;

5

复发难治疾病查因;

6

格列卫耐药位点检测;

适用人群

1

AML、ALL、MDS、MPN初诊患者;

2

疑似血液肿瘤但尚未明确疾病类型患者;

3

复发难治患者:排查病因、制定治疗方案、监控亚克隆低频突变,作为治疗方案的决策支持依据,预防复发或疾病亚型转变、靶向药物相关及耐药位点检测;

4

诱导治疗/巩固治疗后MRD监测;

华银健康血液病理诊断中心

为向临床提供精准的血液疾病病理诊断服务,华银健康充分依托南方医科大学病理学系、“广东省分子肿瘤病理学重点实验室”、南方医科大学医学遗传学教研室、美国宾夕法尼亚大学医学部病理学与检验医学系等国内外知名高等医学院校专家及技术资源,并邀请美国资深血液病理学和分子病理学专家王夏教授担任学科负责人,建立起血液病理综合性诊断平台,采用国际主流的以形态学、免疫学、细胞遗传学及分子生物学检测为一体的“MICM”综合诊断模式,从而为临床提供准确可靠的诊断结果及预后信息。

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