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由于做蛋白定性的客户经常在拿到检测结果后，需要对表格进行信息解读。因此，本文对定性相关的蛋白检测结果做个基本的说明。 一般此项目样品类型包括蛋白溶液、胶条、泳道、Co-IP样品等，下机数据经过合适的数据库搜库，会得到一些检测结果表格。搜库结果表格通常有三种：Proteins、Peptide、PSMs，分别对应鉴定到蛋白的表格、匹配到肽段的表格、匹配到二级图谱的表格。  proteins表格对应含义  不同的搜库软件得到的proteins表格略有不同，基本信息如下： Accession：数据库中蛋白对应的ID号，是不同蛋白特征性的编号； Description：蛋白名称的详细描述； Coverage：鉴定到的肽段在蛋白上的覆盖度； # Peptides：鉴定到不同肽段的总数目，即有多少肽段匹配到此蛋白上； # PSMs：肽段匹配到二级谱图的数目； # Unique Peptides：此蛋白包含的特异性肽段数目； # Protein Groups：该蛋白出现在几个group里，一般为1； # AAs：该蛋白包含的氨基酸数目； MW [kDa]：理论分子量； calc. pI：理论等电点； Score Sequest HT：对蛋白匹配度的打分，分数越高可信度越高； -10lgP：蛋白可信度得分，值越大表表明该蛋白包含的可信肽段越多； PTM：修饰类型； Avg. Mass：平均分子量； 说明： 关于Accession号： 不同的软件对不同数据库搜库结果中显示的Accession号形式可能会不同，下面以uniprot数据为例。 搜库软件PEAKS Studio 8.5得到的Accession号一般是J9TAY5|J9TAY5_IPOB或者sp|P10965|SPORB_IPOBA格式。则可以用“|”前面的编号J9TAY5或者“sp|” 和“|”之前的P10965在uniprot网站http://www./uniprot搜取此蛋白编号对应具体蛋白、基因、氨基酸序列等信息。 搜库软件ProteomeDiscoverer 2.1得到的Accession号如P10809。则客户直接用P10809在对应数据库网站搜索对应蛋白详细信息，如图： 关于Description： 例如，对P10809蛋白编号的Description如下： 60 kDa heat shock protein, mitochondrial OS=Homo sapiens GN=HSPD1 PE=1 SV=2 60 kDa heat shock protein, mitochondrial ：蛋白名称 OS=Homo sapiens：物种的拉丁文名称 GN：表示gene name，基因的名称 PE：ProteinExistence，即蛋白的可靠性，分5个等级，数据越小代表可靠性越高。 SV：SequenceVersion，蛋白序列版本； 可参考上图显示。 关于Coverage： 表示该蛋白鉴定肽段的氨基酸个数占该蛋白序列氨基酸总数的比例。一般越高可以表示蛋白可信度越高。 关于# Unique Peptides： 表示蛋白中含有的特异肽段数（或唯一肽段数）。文章一般要求2个及以上；是蛋白的特征肽段，可以用此肽段的二级图谱作为鉴定到某蛋白的标志。有些搜库软件得到的protein-petide表格中会注明哪些是唯一肽段，或者可以参考在protein groups 中数目为1的肽段。 关于Protein Groups： 当某些肽段匹配到多个蛋白时，软件会根据蛋白中是否存在唯一肽段、匹配肽段的多少等权重进行打分，得到一个protein group蛋白，其余的蛋白会被group掉。因此经常看到鉴定到的蛋白数为上千个，protein group数目只有几百个，这几百个即实际鉴定到的蛋白。 最后，如果想确定蛋白可信度，可根据蛋白匹配到的肽段数目、唯一肽段数目、肽段对应的PSM数目、及覆盖度和蛋白的打分值等来综合考虑。肽段和PSM数目越多越好，覆盖度越高越好，Score Sequest HT/-10lgP值越大越好（值要看相对大小，没有最高最低之说）。当然这些都基于数据库合适的情况下。  Peptide表格对应含义 Peptide/Sequence：肽段序列； Modifications：修饰类型； # Protein Groups：肽段归属的protein group数； Master Protein Accessions：该肽段归属的主要蛋白名称； # Proteins：该protein group内蛋白数； -10lgP：该肽段对应谱图鉴定的可信度，值越大表明匹配结果越好； Mass：此肽段单同位素质量； Length：此肽段氨基酸数目； Ppm：此肽段质量与理论值偏差； m/z：该肽段质荷比； RT：保留时间，以min为单位； Area Sample 1：肽段在实验结果中所有谱峰的峰面积加和； #Spec/# PSMs：该肽段匹配谱图数； PTM：肽段修饰类型； Percolator q-Value Sequest HT：该肽段q值，越小越好； # Missed Cleavages：漏切位点（一般≤2），过大会导致错误匹配； 说明：可以根据此表，查找感兴趣的蛋白对应的肽段序列、唯一肽段序列。有些文章中，会添加目标蛋白对应肽段的一级或二级谱图，一般质谱图上也会出现保留时间和质荷比信息。 PSMs表格对应含义 Annotated Sequence：二级谱图匹配到的肽段序列； Modifications：修饰类型； # Protein Groups：归属的protein group数； # Proteins：该protein group内蛋白数； Master Protein Accessions：该肽段归属的主要蛋白名称； Protein Accessions：该肽段归属的所有蛋白的名称； Charge：该肽段序列带电荷数； m/z [Da]：该肽段的质荷比； RT [min]：该肽段对应的保留时间； XCorr：PSM 可信度的打分，仪器设备有一个可信度标准，带不同电荷得分标准不同，此得分高低会直接体现在肽段和蛋白的可信度上。 说明：此表格主要是二级谱图PSM对应肽段的信息，由于个别的搜库软件Peptide表格信息较少，因此可参考此表格的结果说明。另外，在Annotated Sequence此列搜取肽段序列，可以得到某个肽段序列对应的全部PSM信息。 小编提示 一般来说，想了解鉴定到蛋白的信息，只参考proteins表格即可。想了解关注的肽段的信息，需要参考peptide表格。而PSMs表格一般用不到，可看做是peptide表格的补充。 以上信息，是做蛋白定性项目的客户经常咨询的问题。仅希望此文能满足检测表格的解读需求。 蛋白与代谢事业部 文案|陈东莉  |
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