1#载入相关包
2library(ggplot2)
3library(ggrepel)
4library(ggsci)
5library(dplyr)
6#提取数据，resG是注释过基因名字的DEseq2结果
7Vol.TG<-na.omit(resG)
8#给结果加上change，其中padj和log2FoldChange后面的值根据自己的需要修改
9Vol.TG$change <- as.factor(ifelse(Vol.TG$padj < 0.01 & abs(Vol.TG$log2FoldChange) > 1,ifelse(Vol.TG$log2FoldChange > 1,\\\'UP\\\',\\\'DOWN\\\'),\\\'NOT\\\'))
10#加个配色
11mypal_V = pal_gsea('default', n = 3, alpha = 0.9)(3)
12#开始设置ggplot
13#其中geom_point中alpha是点的透明度，size是点大小都可以修改。
14#其中xlim是x轴范围，自己根据数据调整
15#theme_bw中base_size是图中文字字号
16#theme中那些事调整格子的，想知道效果删掉一个看一下。
17#scale_color_manual中values后面值是配色，可以用c('','','')自己填颜色代号调整。limits代表change的顺序，这个要配合颜色顺序调整。
18p <- ggplot(data = Vol.TG, aes(x = log2FoldChange, y = -log10(padj), color = change))
19+geom_point(alpha=0.8, size = 1)
20+xlim(-9,9)+theme_bw(base_size = 18)
21+theme(panel.grid.minor = element_blank(),panel.grid.major = element_blank())
22+scale_color_manual(name = '', values = mypal_V, limits = c('DOWN', 'NOT', 'UP'))
23#输出p
24p
25#加上基因名，其中padj和log2FoldChange后面的值根据自己的需要修改
26p+geom_text_repel(data=filter(Vol.TG,padj < 0.01,abs(log2FoldChange)>6), aes(label=genename))
