GEO专题实践一：如何使用公共基因表达数据库GEO

如果有感觉不对的地方，请各位老师批评。

• NCBI提供和维护的世界上最大的基因表达信息数据库（主要是微阵列）

• http://www.ncbi.nlm./geo/

• 您不仅可以搜索感兴趣的表达数据集和基因谱，还可以免费下载原始数据。

• GPL：微阵列芯片的平台类型

• GSM：从一个微阵列芯片获得的样品 - 样品数据

• GSE：系列 - 在一次实验中获得的一组GSM

• GDS：DataSet-一组通过收集NCBI工作人员可以分析的数据进行重组的GSM

• 关于GEO条目（意思是GEO ID号码的前三个字母）

#####【实践1】使用GEO搜索感兴趣的微阵列实验数据集

• 如何使用NCBI GEO 1-搜索和获取微阵列数据-视频正在制作，详情加微信：1478115560 。

1. 从屏幕右侧的“浏览内容”中选择“平台”。

1. 将显示平台（微阵列类型）的列表屏幕，因此单击顶部的“查找平台”。

1. 出现平台的搜索屏幕。为“制造商”选择“Affymetrix”，为“有机体”选择“智人”，然后单击“确定”。

1. 显示Affymetrix人类微阵列搜索结果。您可以通过单击列标题按每个项目进行排序。在表格中心单击“Samples”或“Series”两次，按降序对已注册的实验数据进行排序。

1. [HG-U133_Plus_2]很明显，Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array是最注册的数据平台。

2. 当点击系列号“3855”时，过滤器中显示“平台：GPL570”，仅显示使用“Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array”的实验数据。

1. 这次，我们将搜索与酒精性肝炎相关的数据。在搜索窗口中输入“酒精性肝炎”，然后单击“搜索”。

1. GSE28619-我们发现了一个名为转录组分析的数据集识别Fn14，一种TNF超家族受体成员，作为酒精性肝炎的治疗靶点。通过单击左端的“GSE28619”，可以查看数据集的详细信息。

1. 已显示GSE28619的页面。

1. 单击页面底部“下载系列”中的“系列矩阵文件”，显示标准化数据的下载链接。

2. 您可以从页面底部“补充文件”中的链接下载原始数据。

1. 让我们搜索与您的研究主题接近或有趣的微阵列数据。