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大家好，推荐一篇新发表在Journal of Proteome Research上的文章，文章的通讯作者是来自日本京都大学的Mio Iwasaki和Masato Nakagawa。本文针对iTRAQ定量策略的定量分析流程进行了优化，开发了RiMS（ removal of interference mixture MS/MS spectra）的方法，来提高iTRAQ的定量准确性。 在本文中，作者针对iTRAQ定量技术中的这一问题进行了优化，开发了RiMS方法。该方法的核心在于首先在一级谱中去鉴定那些色谱峰有重合，同时质量相近（在isolation window窗口之内）的互相干扰离子。而后将其色谱峰重合部分的二级谱图提出，由于这些二级谱均是由混合肽段所构成，使用其进行定量的结果可能是不准确的，因此将这些二级谱图舍去。最后使用那些没有被干扰的二级谱进行iTRAQ定量。 作者进行两组质谱实验对RiMS方法进行了评测：一组是简单的E.coli蛋白质组，另一组是复杂的加入了人细胞蛋白质组的E.coli蛋白质组。首先作者对于这两组数据中interference spectra的情况进行了评价，与预测类似的是，在简单蛋白质组中未受干扰的spectra相对复杂蛋白质组要更多一些。当同时使用正常定量策略和RiMS策略进行定量时，作者证明了对于简单的蛋白质组来说，两种定量策略所得到的结果是类似的。但是对于复杂的蛋白质组，RiMS的定量结果要优于正常定量策略，与理论值更加接近。同时作者也证明通过分fraction的方法降低样品复杂性同样能够同时提高两种定量策略的准确性。在将复杂蛋白质组分为3个fraction之后，RiMS的定量结果已经基本等于理论比值，而正常定量策略虽然同样有提高，但是依然与理论值相差甚远。 总体来说，本文提供了一个很好的思路来提高iTRAQ的定量准确性，沿着这一思路应该在未来可以优化出更好的定量策略。 总体来说，本文提供了一个很好的思路来提高iTRAQ的定量准确性，沿着这一思路应该在未来可以优化出更好的定量策略。 |
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