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GEO 下载的series matrix 文件想把基因表达量用R转换为LOG2,求代码

 双峰宝林 2019-05-24

1、xlsx文件转为txt分隔符存储('datExp.txt');

2、dat = read.table('datExp.txt',header=T,sep='\t') #读取数据;

3、dat1 = dat[,-1]  #删除dat的第一列,赋予dat1

4、rownames(dat1) = dat[,1] #把dat中第一列作为dat1的行名

注意:行名是独一无二的,所以原始文件series matrix文件中的基因名称是不能有重复的!(有的话需要取该基因的平均值处理),我给你数据运行后发现GOLGA6有2个重复,我进行删除后就行了

5、dat.exp = log(dat1,2);#

6、View(head(dat.exp))  #查看处理后的数据

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