HaploX@ASCO 2019 【04】| 海普洛斯连线ASCO 2019——基因检测篇（下）

海普洛斯连线ASCO 2019——

基因检测篇（下）

标题：Correlation of negative PD-L1 expression with TMB-Hand MSI-H rates.【PD-L1表达阴性与TMB-H和MSI-H的相关性】

子类别：基因检测

编号：e13162

研究背景：PD-L1蛋白表达，肿瘤突变负荷（TMB）和微卫星不稳定性（MSI）是用于实体瘤PD-1/PD-L1阻断疗法的主要生物标志物。我们设计了一项研究来评估这些生物标志物的相关性。

研究方法：研究分别招募了197例肺癌、结直肠癌和胃癌患者。在2018年4月至2018年12月，分别收集了患者的血液样本和FFPE样本，将每个样本分成3个部分用于二代测序（NGS）、PD-L1蛋白表达评估和MSI评估。使用HapOnco^TM605全实体瘤基因Panel建立测序文库，并在~5,000x覆盖率下进行深度测序以计算TMB；通过免疫组化分析PD-L1蛋白表达；使用包含5个基因座（NR27，NR21，NR24，BAT25和BAT26）的多重PCR来评估MSI。

研究结果：检测结果显示，18.78％（37/197）的患者具有高PD-L1表达（阳性肿瘤细胞≥50％）；5.08％（10/197）的患者被诊断为MSI-H；4.06％（8/197）的患者具有TMB-H（TMB>20个突变/Mb）。在37例PD-L1阳性患者中，仅1例患者为TMB-H，3例患者为MSI-H。相比之下，在14例PD-L1表达低于1％的患者中，有8例患者（57.14％）被检测为TMB-H或MSI-H（TMB-H：3，MSI-H：3，TMB-H且MSI-H：2）。此外，在10例具有MSI-H的患者中，4例具有TMB-H，表明MSI-H可能与TMB-H部分相关。

研究结论：根据初步的研究结果可知，PD-L1蛋白表达阴性的患者倾向于具有更高的TMB-H和MSI-H比率，因此对于PD-L1表达阴性的患者，建议评估其TMB水平和MSI状态。后续将收集更多数据来验证这些发现。

标题：DNA Input, sequencing depth, and maximum somaticallele frequency may affect the concordance between blood TMB and tumor TMB.【DNA起始量、测序深度和最大体细胞等位基因频率（MSAF）可能影响bTMB与tTMB的一致性】

子类别：基因检测

编号：e13163

研究背景：肿瘤突变负荷（TMB）被认为是PD-1/PD-L1阻断疗法中较有希望的生物标志物。然而，在评估TMB时，组织活检通常不可用，因此使用血液的液体活检成为了另一种较为可行的考量方法。但是，血液TMB（bTMB）和组织TMB（tTMB）的一致性并不稳定，且可能受样品制备方法和测序深度的影响。因此，我们设计了一项研究来探索可能显著影响bTMB与tTMB一致性的因素。

研究方法：自2018年9月至2019年1月，对98例泛癌种患者进行前瞻性研究。收集每一位患者的组织样本和与之匹配的血浆样本，使用定制的HapOnco^TM605全实体瘤基因Panel对这些样本进行基因测序。

研究结果：研究数据表明，bTMB和tTMB是相关的，但DNA起始量、测序深度和最大体细胞等位基因频率（MSAF）可能影响它们的一致性。bTMB和tTMB之间的Spearman等级相关性（SRC）为：38例cfDNA≥25ng的患者为0.77；60例cfDNA<25ng的患者为0.15。此外，我们探讨了测序深度对bTMB和tTMB之间的SRC的影响，结果显示：25例测序深度≥2,500x的患者SRC为0.74；73例测序深度<2,500x的患者SRC为0.28。最后，我们发现等位基因频率在bTMB和tTMB的一致性方面也非常重要，研究结果显示：50例cfDNA MSAF≥1％的患者的SRC为0.71；48例cfDNA<1％的患者的SRC为-0.03。

研究结论：为了提高bTMB和tTMB之间的一致性以更好地预测免疫治疗的效果，我们建议cfDNA起始量应大于25ng，平均有效测序深度应高于2,500x，等位基因频率处理的相关性应保持在1％以上。