Origin绘制个性化的分组散点图

在《单细胞转录组学习笔记之Seurat 3.0（一）》一文已简单介绍过t-SNE散点图的绘制，绘图结果简单粗暴，并未使用ggplot2做进一步的调整。而文章中好看的散点图往往是下图这样的：

（Journalof the American Society of Nephrology, 2019）

最近，最新版的Origin2020出来了，这里就以t-SNE分析结果的数据为例，使用Origin2020（之前的版本也可以）绘制更加个性化的分组散点图。

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数据准备

本例所用的数据来自《单细胞转录组学习笔记之Seurat 3.0（一）》一文的t-SNE作图结果数据（点击文章底部的 阅读原文 下载）。使用R导出后复制粘贴到Origin中，如下。

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图表绘制

通过Plot/Basic/Color Dots（之前的版本为：Plot/Scatter/ColorMapped）绘制散点图，如下图。

在Plot Setup窗口，给X轴、Y轴、映射颜色(C)选择要绘制的数据，方法如下，点OK按钮完成绘制。

初始的结果如下：

双击图表，在Plot Details窗口可调整散点的形状，大小（Size），透明度（Transparency）等，如下。

调整后的效果如下：

接着双击坐标轴，调整X轴和Y轴的刻度范围，方法如下。

调整后的结果如下：

如果想添加上方和右侧的坐标轴，单击坐标轴，便会出现快捷按钮，方法如下。

得到的效果图如下：

 

还可以单击坐标轴，点击眼睛按钮，隐藏坐标轴，或者选中后用Delete键删掉也可以。

如何调大图例上的“点”呢？右键图例，在属性窗口中Symbol选项下将点的大小调为原来的200%即可，方法如下。

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文字标注

Origin虽然有自动为点上添加标签的功能，但这里的点太多了（两千六百多个），这里选择文本工具，手动添加文本标签（这里仅添加了几个作演示），如下。

最终的效果如下：

最后，你也可以换成其他的配色方案：

参考文献

Wu H,Kirita Y, Donnelly E L, et al. Advantages of single-nucleus over single-cellRNA sequencing of adult kidney: Rare cell types and novel cell states revealedin fibrosis[J]. Journal of the American Society of Nephrology, 2019, 30(1):23-32.