|
各位科研芝士的朋友，大家好，TCGA_SNP的下载我们已经连续分享了4个帖子，分别是官网直接下载，Tcgabiolinks下载、UCSC-XENA下载以及cBioportal工具下载，今天我们分享SNP数据下载的最后一讲Fire Browse工具。 Fire Browse （http:///） 这是由 Broad研究所开发的用于TCGA数据挖掘可视化的网络平台，提供基因表达，突变等综合挖掘分析功能，类似于cBioportal。该网站在TCGA数据可视化中做的依旧不错，可以帮助大家更好使用TCGA这个资源丰富的数据库。毕竟所有资源的开发都是为了进一步对数据进行整合。下面我们就进入正题，网站主页是这样的：  继续回想一下，是不是还记得该网站的一个孪生兄弟， FireHouse，这个和Firebrowse的关系，就是Fire Browse是FireHouse的浏览器，FireHouse是数据的存储站。  那我们就先来认识一下FireHouse，我们主要关注SNP数据下载。 1. 首先我们进入FireHouse主界面， 如下：  点击第一个Data 下面的Browse，便进入肾上腺皮质癌的数据展示界面，会出现下面的界面。  看到了FireBrowse是不是有一种莫名的熟悉感？红色框框内部便是我们看到的for ACC，ACC是对肾上腺皮质癌的简写。 2. 点击Mutation Analyses， 便会出现下面的界面  3.识别突变基因  在红色框内分别代表在panel编辑，样本排序，是否显示网格，以及是否显示缺失的样本和legend。 4.点击样本排序，可以看到如下界面，表示根据突变基因情况，进行了样本排序：  5.是否显示网格，如下， 你会发现在红色框内出现了网格线：  6.是否显示缺失的样本， 注意体会二者区别 （不显示非突变样本）  （显示非突变样本）  7.Legend就不说了，我们继续看看突变基因是都可以倒叙排列，答案当然是可以的  点击红框内的mutation，便可以实现mutation排列倒叙，变成如下的状态。 Ok，今天的教程主要是带大家体验TCGA_SNP数据在Fire Browse上的数据分析，下期我们将基于MAF文件推出，TCGA的基于R语言数据处理MAF文件的方法，再见。 |
|
|
