示例数据
方法一的示例数据是data.Rdata，方法二三的示例数据是test.Rdata。我将数据打包放在了“生信星球”公众号后台，回复“火山图”即可获得。你解压后双击文件夹里的volcano.Rproj，复制粘贴运行本文代码即可。
代码来源
以下代码出自R数据科学笔记第21章，原书第312页：
best_in_class <- mpg %>%
group_by(class) %>%
filter(row_number(desc(hwy)) == 1)
ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) +
geom_point(aes(color = class)) +
geom_point(size = 3, shape = 1, data = best_in_class) +
ggrepel::geom_label_repel(
aes(label = model),
data = best_in_class
)
这个方法与数据量大小无关。端详代码找思路
1.从原来数据中挑选了一部分，生成新数据
2.用新数据作图，向原数据做的点图上叠加两个图层，一个空心点图，一个geom_label_repel。
step1：先把火山图画出
load('test.Rdata')
p <- ggplot(data = test,
aes(x = logFC,
y = `-log10(P.value)`)) +
geom_point(alpha=0.4, size=3.5,
aes(color=change)) +
scale_color_manual(values=c('blue', 'grey','red'))+
geom_vline(xintercept=c(-1,1),lty=4,col='black',lwd=0.8) +
geom_hline(yintercept = -log10(0.01),lty=4,col='black',lwd=0.8) +
theme_bw()
p
step2：生成用于添加图层的新数据
⭐重点在这里
新数据框的内容是你想要标记的基因，这里根据logFC和Pvalue的大小来筛选，可以自定义阈值来调整要显示的基因的数量：
for_label <- test %>%
filter(abs(logFC) >4& `-log10(P.value)`> -log10(0.000001))
step3:新图层叠加到原图上去
p +
geom_point(size = 3, shape = 1, data = for_label) +
ggrepel::geom_label_repel(
aes(label = symbol),
data = for_label,
color='black'
)
加号连接两句代码就实现了图层的叠加。
