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「学转录组入门生信」第三周入门R语言和学习DESeq2

 生物_医药_科研 2019-07-23



本周的学习简单来说可以分为两个阶段:

第一阶段:R语言入门

本周我们需要学习如何安装R语言以及如何入门,随后我们需要学习R语言的基础命令和数据类型,接着我们学习如何安装R包,查阅帮助文档;同时我们需要学习如何使用R  project管理我们的项目,整合我们的数据,最后在DEseq2包的帮助下,我们使用上周学习获得的表达矩阵计算得到差异基因:

  1. R语言简介及R&Rstudio安装

    • 什么是R,为什么要用R

    • R语言下载安装

    • IDE的作用,Rstudio初识

    • 在线资源,博客资源

  2. R语言基础

    • 熟悉Rstudio的操作界面

    • R语言的基本命令学习

    • 设置R的启动环境

    • CRAN镜像设置

    • 文件的读入和写出

  3. R语言入门

    • Tidyverse, Deseq2, ClusterProfile, biomaRt

    • R语言的数据类型与数据结构

    • R包学习及安装

    • 后续需要用的包简介及安装

    • 创建脚本与保存

    • R project的使用

第二阶段:R包使用及进阶学习
  1. 使用Deseq2包分析RNA-seq数据得到差异基因

    • 读入数据,创建phone type数据,构建dds对象

    • 得到分析结果,过滤差异基因

  2. 练习

    1. 试着使用R语言求一个数列中的最小值

    2. 构建一个随机矩阵,使用FPKM的计算公式理解FPKM

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