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使用ClusterProfile包对差异基因进行富集分析
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来自: 生物_医药_科研 > 《待分类》
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浅谈GSEA分析和KEGG富集分析的异同
浅谈GSEA分析和KEGG富集分析的异同。我们通常用这个数据库做代谢通路富集分析(kegg pathway富集分析),主要算法是先挑选出显著差异表达的基因,然后利用超几何分布等统计算法根据通路的差异基因数目...
生信分析中GSEA分析(GO/KEGG富集分析)的重要性
生信分析中GSEA分析(GO/KEGG富集分析)的重要性。GSEA全称为Gene Set Enrichment Analysis,是基因集富集分析,官方解释是使用预定义的基...
狗年话狗,也话GO
一是基于筛选的差异基因,采用超几何检验判断上调或下调基因在哪些GO或KEGG或其它定义的通路富集。假设背景基因数目为m,背景基因中某一...
推荐,富集分析神器Enrichr!
富集分析是快速了解兴趣基因功能倾向性的方法之一,主要有两种方式:①基于差异基因判断上调或下调基因在GO或KEGG通路的富集情况,即GO...
为什么选择GSEA分析?和KEGG和GO分析有什么区别?
但是,一般的差异分析(GO和Pathway)往往侧重于比较两组间的基因表达差异,集中关注少数几个显著上调或下调的基因,这容易遗漏部分差异...
别搜啦!关于富集分析你想知道的这里都有!
前景基因与背景基因这有两个重要的概念,前景基因和背景基因。文字:图形里各文字的含义如下1:GO term编号2:GO term描绘速3:P值4:前景基...
常规分析找不到差异基因?GSEA分析了解一下 | 学习专栏
具体原理如上图所示,在给定一个排序的基因表L和一个预先定义的基因集S(比如编码某个代谢通路的产物的基因,基因组上物理位置相近的基...
富集分析
无环指的是从任何一点开始沿着规定的指向都不能回到原点具体作用基因分门别类放入细胞组分CC、分子功能MF和生物过程BP,分别对应基因产...
关于功能富集分析的基础知识
关于功能富集分析的基础知识富集分析。GO 分析对实验结果有提示的作用,通过差异基因的GO 分析,可以找到富集差异基因的GO分类条目,寻...
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