快速搞定方差分析、盒型图和显著性标记

在之前的《如何用Origin画“箱子和胡子”图？》和《R学习笔记之显著性标记》分别介绍过使用Origin和R为图表添加显著性标记。那如果使用Graphpad Prism又该如何做呢？

 

本文就以Graphpad Prism 8.0为例，看下如何快速搞定方差分析、盒型图和显著性标记。

 

数据准备

打开软件后，通过双击窗口灰色区域或点Prism(棱镜)的小三角，新建工程文件，如下图。

在弹出的向导页面选择表格类型，如本文用到的数据为非分组数据，表格类型选Column，Data table选enter or import data…，Options选第1项（如下图）。

 

 

接下来将数据（数据来源于Prism自带的范例文件）粘贴到表格中，表格的名字默认为Data 1，如下图，为了便于记忆和方便之后使用，可双击改名。

  

方差分析

这里所说的方差分析，包含时候的多重比较。接着只需点左侧导航栏Results选项下的New Analysis，选择One-way ANOVA即可，如下。

这里的数据非配对数据，实验设计选项这里保持默认即可，如下。

 

然后是多重比较设置。这里选择第3项，如下，使用对照和其余3列数据相比。当然，你也可以选择第2项，让4列数据两两相比。

多重比较的矫正方法，我这里选择第2种（FDR），如下，然后点击OK按钮即可完成分析。

 

多重比较的分析结果如下，我们看到Drug A和对照相比差异显著，而另外两个相比不显著。

 

 

图表绘制

表格数据填完后，其实图表绘制已基本上“完成”了，只需点左侧导航栏中Graphs菜单下的Data1，然后选择图表类型为Box and violin即可看到绘制结果，这里同时也让散点显示出来，见下图。

初始得到的点的形状不一样，可以双击图表区域调整点的颜色和形状，如下，Data set这里选所有的数据集，可同时调整所有的分组。

初始调整的结果如下：

 

如果不喜欢宽图表，可以双击坐标轴设置图表的比例，在Frame and Origin选项卡下将Shape由默认的Wide改为Square（方形），还可在Left Y axis调整y轴范围，如下图。

调整后的效果如下：

接下来，使用Prism 的Draw功能，为图表添加显著性标记，方法如下。

 

 

如果不喜欢这个配色，可以通过Change菜单或Change Colors按钮对表标的进行的自定义颜色调整，最终的效果如下：

 

最后，通过File \ Export Graph导出所需格式的图片，建议通过File\ Save保工程文件，以便反复调整。

 

今天的内容就到这里啦~