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灭绝动物的颜色是在恢复动物时必然会考虑的问题。如果完全忠实于可靠的证据，那样可能所有的化石动物都被复原成无色，而没有任何皮肤花纹。但特殊的化石发现，告诉我们灭绝动物在生命时期也存在颜色，只是颜色的保存发生了变化。如已经发现的一些甲虫化石色彩斑斓的鞘翅和贝壳化石，以及羽毛化石的颜色花纹（这些已经不是原来的颜色）。 大型动物的颜色往往比较暗淡，如大象的肤色。体型庞大的恐龙可能也是如此。 霸王龙的体色鲜艳，而鸭嘴龙就比较暗，即便如此，也难以保全自身，说明弱肉强食的道理。 大多数水生动物表现出所谓的背腹面反隐蔽，即腹面颜色浅，背面颜色深。无论从上面看还是下面看，这种反隐蔽都会使动物得到伪装。因此可以确信，过去的水生动物，包括鱼、鱼龙等，也有类似形式的反隐蔽。 一些动物身体的花纹和斑点，这些对于同种的其他成员来说可以起到识别作用，或者可以助于破坏动物的轮廓，从而帮助它们在捕食者面前伪装。如非洲斑马身体的纵向条纹，可以破坏斑马的身体轮廓，起到保护作用。 对于体色鲜艳的动物，炫耀结构是很常见的。这种方式使动物对异性更具吸引力，传达了有关健康、繁殖状态和成熟度的信息。如公鸡鲜红的鸡冠和肉垂，蜥蜴皮肤装饰和头上的悬垂物等。因此在复原中生代的一些恐龙的时候，常见到体色鲜艳、装饰耀眼的特征。
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