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关于翻译后修饰的背景: 翻译后修饰(Post-translational modification, PTMs)，又称之为共价修饰，主要是指蛋白质在RNA翻译后接受到的一系列化学性质的修饰。一般修饰都是在蛋白质上加入具有独特生物化学性质的官能团，通过结构、性质等方面的变化来改变蛋白质的功能。目前主要的翻译后修饰包含乙酰化、烷基化、生物素化、糖化、硫辛酸化、磷酸化、硫酸化、硒化、C末端酰胺化、泛素化、干扰素激活基因化、脱氨化等等。这些修饰往往与各式各样的细胞信号通路、功能表型具有千丝万缕的联系。因此，往往做完表型再往蛋白质修饰上蹭一下，都可以收获不少。 翻译后修饰机制类研究往往是颇受高分SCI青睐，也因为化学-生命交叉范围较多，具有比较高的专业技术要求。常见的修饰后研究方法包括：蛋白质分离技术、质谱、互作分析系统等等。 值得注意的是，现在单一的蛋白质修饰往往不如修饰网络的构建与调控来的有魅力。毕竟现实是，病理生理状态的过程是需要各式各样的修饰蛋白共同影响、共同作用的。 举个简单例子，组蛋白（H2A/H2B/H3/H4）涉及到乙酰化、甲基化、泛素化、磷酸化、SUMO化等多方面的调控。单一研究模式很难全面阐明其涉及的未知机制。因此，组学背景下的蛋白质大数据，经过生信处理才是理想的研究方案。 目前，在线的基于生信的蛋白质修饰工具也逐渐成长起来。 其中，由CUCKOO工作组基于新算法，构建一系列基于蛋白质翻译后修饰的在线工具。包含了预测类、工具类以及数据库三大类平台神器。算是目前最全面的在线工具平台，值得关注。 下面，主要介绍一下其中的在线数据库，预测类的工具下期介绍。 第一个，是整合了泛素化相关注释内容的数据库。目前已经升级到2.0版本。 http://iuucd./index.php 第二个，是自噬、凋亡类数据库。该数据集收录了pubmed所有相关自噬、凋亡等相关的实验证实类数据信息。最新的版本为2017年5月7号。 http://thanatos./ 第三个数据库为细胞分裂周期相关，包含了分裂纺锤、中心体等多方面数据。 http://microkit./ 第四个数据库是生理节律相关的基因数据库。该数据集纳入了148个组织类型的超过72,800基因在昼夜节律上的转录水平变化。 http://cgdb./
第五个，蛋白质赖氨酸修饰数据库。目前已经更新到3.0版本。 http://plmd./ 第六个数据库，关于磷酸化SNP的数据库。
http://phossnp./
第七个数据库，收集了所有动物、真菌类磷酸化位点的数据集。
http://dbpaf./
第八个数据库，比较特别，相比其他真核类磷酸化数据库，该数据集收录了全部原核细胞磷酸化位点。
http://dbpsp./
第九个数据集，是植物类磷酸化位点收集的数据库。
http://dbppt./
第十个数据库，整合了真核细胞的磷酸酶、磷酸结合区域的注释类数据集。目前2.0版本。
http://iekpd./
第十一个数据集，主要关注真核类中的组蛋白乙酰化、甲基化的读（reader）、写（writer）和擦除（eraser）相关功能蛋白。这些概念在RNA甲基化研究中比较常见。在RNA甲基化研究中，reader蛋白主要识m6A，writer主要负责催化m6A甲基化的蛋白，eraser主要抹掉m6A甲基化蛋白。
http://weram./
第十二个数据集，主要收集蛋白质翻译后修饰与各种疾病的关联性。
http://ptmd./
图片来源链接： https://media./www/pdfs/science/pathways/Crosstalk_PostTrans.pdf 关注后获取《科研修炼手册》1、2、3、4、5、6、7、8、9 |
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