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自然界中普遍存在的PGPR如AM真菌可以在植物的根部定殖，赋予植物对多种土壤转播病原体的生物保护，包括丝霉菌属、枝双孢菌属、镰刀菌属、壳球菌属、疫霉属、腐霉属、木霉菌属、丝核菌属、轮枝霉属、根串珠霉属和线虫等。 ZhangQiang等研究发现AM真菌可以直接抑制包括黄萎病菌在内的多种植物病原真菌的生长，为减少有机农药的使用，降低食品中农药残留提供事实依据。成瑢等提出木霉菌属、酵母菌、青霉菌属、毛壳菌属等可抑制大豆疫霉菌、镰刀菌属、腐霉菌属和立枯丝核菌的生长，对大豆根腐病有明显的防治效果，是农药的良好替代品。 大量的实验证明，根际微生物如木霉菌属、链霉菌属、芽孢杆菌属和放线菌属都可以抑制土壤疾病，保护作物免受病原微生物的侵害，其中假单孢菌属抑菌效果更广泛。MaXin等将枯草芽孢杆菌微胶囊化应用于番茄的生物防治，结果表明防治效果达79.91%。 JaimeA．Gutierrez－Monsalve等成功地证明了枯草芽孢杆菌EA－CB0015及其代谢产物能够控制香蕉中的黑斑病，为减少农药的使用，降低食品中农药残留提供事实依据。 Milanevic等采用枯草芽孢杆菌AAAC和QST713对塞尔维亚的辣椒叶斑病进行生物防治，结果表明辣椒的发病率降低了96%～98%。李海云等分离出的叶杆菌对小麦长蠕孢病菌、番茄早疫病菌、马铃薯立枯丝核病菌和玉米小斑病菌等均有抑制作用，为今后微生物菌肥推广应用提供优良菌株资源。
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