肿瘤外显子数据处理系列教程（七）maftools可视化

生物_医药_科研 2019-10-06

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大家好，上一周我们用王凯老师的ANNOVAR软件给vcf文件做了注释，接下来我们通过强大的可视化R包maftools来做一个可视化，看看我们的样本的突变情况。

上节补充

上一节我们在用ANNOVAR做联合注释的脚本应该适当做一下修改，增加refGene的注释，即改为：

$cat annovar.sh 
cat config|while  read id
do
~/biosoft/ANNOVAR/annovar/table_annovar.pl ${id}.vcf ~/biosoft/ANNOVAR/annovar/humandb/ \
-buildver hg38 \
-out ${id} \
-remove \
-protocol refGene,knownGene,clinvar_20170905 \
-operation g,g,f \
-nastring . \
-vcfinput
done

这样修改的原因是我们后面要使用maftools中一个函数annovarToMaf将ANNOVAR注释的结果转为maf，而这个函数annovarToMaf要求要有refGene或者ensGene的注释。

数据处理

当我们用ANNOVAR注释好了之后，会得到3个文件，其中一个是以txt为后缀，如：case1_biorep_A_techrep_filter.hg38_multianno.txt，我们看一下这个文件的前两行，即列名和第一条变异注释的详细信息：

$ head -2 case1_biorep_A_techrep_filter.hg38_multianno.txt
Chr    Start   End Ref Alt Func.refGene    Gene.refGene    GeneDetail.refGene  ExonicFunc.refGene  AAChange.refGene    Func.knownGene  Gene.knownGene  GeneDetail.knownGene    ExonicFunc.knownGene    AAChange.knownGene  CLINSIG CLNDBN  CLNACC  CLNDSDB CLNDSDBID   Otherinfo
chr1    6146376 6146376 G   T   exonic  CHD5    .   nonsynonymous SNV   CHD5:NM_015557:exon11:c.C1638A:p.N546K  exonic  CHD5    .   nonsynonymous SNV   CHD5:uc001amb.3:exon11:c.C1638A:p.N546K,CHD5:uc057btb.1:exon11:c.C1638A:p.N546K .   .   0.25    .   75  chr1    6146376 .   G   T   .   PASS    DP=184;ECNT=1;NLOD=22.56;N_ART_LOD=-1.888e+00;POP_AF=1.000e-05;P_CONTAM=0.00;P_GERMLINE=-4.514e+01;TLOD=5.41    GT:AD:AF:F1R2:F2R1:MBQ:MFRL:MMQ:MPOS:SA_MAP_AF:SA_POST_PROB 0/1:97,3:0.058:48,1:49,2:37,38:154,210:60:20:0.020,0.030,0.030:0.018,3.223e-03,0.979    0/0:75,0:0.020:45,0:30,0:36,0:154,0:0:0

接下来我们需要做一个处理，就是在这个txt文件的每一条变异信息中增加一列，为样本名，而最后的一列Otherinfo我们暂时丢弃掉，处理的方法如下：

cat config |head -1|while read id;do (grep -v 'Chr' ${id}_filter.hg38_multianno.txt |cut -f 1-20|awk '{print $0'\t'''${id}''}'  >${id}.maf );done

同样config中是每一个样本的样本名：

$ cat config 
case1_biorep_A_techrep
case2_biorep_A
case3_biorep_A
......
case4_techrep_2
case5_techrep_2
case6_techrep_2

这样每个样本就得到一个新的文件，暂且以maf为后缀，里面的每一条记录的最后都增加了样本名，如：

chr1    6146376 6146376 G   T   exonic  CHD5    .   nonsynonymous SNV   CHD5:NM_015557:exon11:c.C1638A:p.N546K  exonic  CHD5    .   nonsynonymous SNV   CHD5:uc001amb.3:exon11:c.C1638A:p.N546K,CHD5:uc057btb.1:exon11:c.C1638A:p.N546K .   .   .   .   .   case1_biorep_A_techrep

然后还需要增加一行列名，可以从原先的文件中获取第一行即列名，把最后的Otherinfo替换成Tumor_Sample_Barcode，如下：

head -1 case1_biorep_A_techrep_filter.hg38_multianno.txt|sed 's/Otherinfo/Tumor_Sample_Barcode/' >header

最后我们做一下合并：

cat header *maf >all_sample.maf

查看一下最后的文件前两行：

Chr    Start   End Ref Alt Func.refGene    Gene.refGene    GeneDetail.refGene  ExonicFunc.refGene  AAChange.refGene    Func.knownGene  Gene.knownGene  GeneDetail.knownGene    ExonicFunc.knownGene    AAChange.knownGene  CLINSIG CLNDBN  CLNACC  CLNDSDB CLNDSDBID   Tumor_Sample_Barcode
chr1    6146376 6146376 G   T   exonic  CHD5    .   nonsynonymous SNV   CHD5:NM_015557:exon11:c.C1638A:p.N546K  exonic  CHD5    .   nonsynonymous SNV   CHD5:uc001amb.3:exon11:c.C1638A:p.N546K,CHD5:uc057btb.1:exon11:c.C1638A:p.N546K .   .   .   .   .   case1_biorep_A_techrep

maftools可视化

maftools是一个非常强大的可视化软件，我已经多次向大家推荐学习：maftools，在这里我们用到了其中一个函数annovarToMaf

## 清空环境
rm(list = ls())
options(stringsAsFactors = F)
## 安装或载入maftools包
if (!require('maftools'))
    BiocManager::install('maftools')
library('maftools')
## 读取数据
var.annovar.maf <- annovarToMaf(annovar = 'all_sample.maf',
                                refBuild = 'hg38',
                                tsbCol = 'Tumor_Sample_Barcode',
                                table = 'refGene',
                                MAFobj = T)
laml = var.annovar.maf

## 检查数据
unique(laml@data$Tumor_Sample_Barcode)
getSampleSummary(laml)
getGeneSummary(laml)
getFields(laml)

save(laml, file = 'input_merge.Rdata')

rm(list = ls())
require(maftools)
options(stringsAsFactors = F)
load(file = 'input_merge.Rdata')
project = 'merge'
## 突变类型分布
png(paste0('plotmafSummary_', project, '.png'),res = 150,width = 1080,height = 1080)
plotmafSummary(maf = laml,
               rmOutlier = TRUE,
               showBarcodes = T,
               textSize = 0.4,
               addStat = 'median',
               dashboard = TRUE,
               titvRaw = FALSE)
dev.off()

## top30基因突变全景图
png(paste0('oncoplot_top30_', project, '.png'),res = 150,width = 1080,height = 1080)
oncoplot(maf = laml,
         top = 30,
         fontSize = 0.5,
         showTumorSampleBarcodes = T)
dev.off()

## 突变可能导致TP53的氨基酸序列改变
png(paste0('TP53', '.png'),res = 150,width = 1080,height = 1080)
maftools::lollipopPlot(laml,
                       gene = 'TP53',
                       AACol = 'AAChange.refGene',
                       labelPos = 'all')
dev.off()