【原】发文好助手，高效图片分析必备技能

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图片分析效率高，文章发的快且多！

俗话说，时间就是金钱，效率就是生命。高效分析图片对科研人员十分重要，今天半夏就给大家分享基于ImageJ宏（Macros）的高效图片分析！

那么什么是宏呢？宏是一个自动执行一系列ImageJ命令的简单程序。创建宏的最简单的方法是通过Plugins -> Macros -> Record录制一系列的命令。宏可保存为.txt或.ijm后缀的文本文件，可通过Plugins -> Macros加载，Macros -> Run macro运行。

1

MyelinJ宏分析髓鞘图片

PubMed上有许多已经发表的宏可供使用，例如2019年Bioinformatics（IF：7.307）上发表了一个分析髓鞘图片的宏——MyelinJ。

MyelinJ下载链接：https://github.com/BarnettLab/MyelinJ

MyelinJ下载及使用详细说明见文章补充材料：

MyelinJ得到的主要参数有Percentage (%) neurite density与% myelination，其分析效果如下：

图片来源 参考文献1

使用方法很简单，见补充材料MyelinJ User Manual。

2

QuantIF分析荧光图片

QuantIF宏下载链接：https://www./1999-4915/11/2/165/s1

Plugins -> Macros加载宏，打开图片运行QuantIF即可快速得到细胞核与感染阳性细胞% Area：

当然，QuantIF所能得到的结果我们也不难获得，即Image -> Color -> Split Channels后计算红色面积百分比。

3

神经元骨架分析

除了可以在PubMed查找已发表的宏外，我们也可以自己录制宏。

分析步骤：

1. ImageJ（Fiji）软件File -> Open打开神经元图片。

图片来源  自己的图片

2. Plugins -> Macros -> Record…开始录制宏：

3. Image -> Type -> 8-bit将图片转变为灰度图片，Process -> Binary -> Make binary二值化图片：

4. Process -> Binary –> Skeletonize骨骼化神经元：

5. Analyze -> Skeleton -> Analyze skeleton （2D/3D）分析骨骼，点击OK：

6. 点击Create创建宏，File -> Save as可保存宏。打开待分析图片，分析其他图片时，只需要点击Macros -> Run macro即可快速得到结果：

例如打开一张神经元图片运行宏即可快速获得结果：

4

高效划痕面积分析

我用类似细胞计数的方法录制了一个高效分析划痕面积的宏，步骤如下：

下载链接：https://pan.baidu.com/s/1ok88UAPgbml1spl37MxTjQ 提取码: 6z5y。

使用方法：

ImageJ打开待分析划痕实验图片，打开上图录制好的宏，Macros -> Run 

macro即可得到结果：

为了验证划痕面积宏的适用性，我在百度图片找了一张图片进行验证，效果如下：

与划痕面积分析类似，宏还可以快速完成诸如面积计算等诸多过程：

今天给大家分享了使用宏高效处理图片的方法，这仅仅是一个开始，如果需要大家可以把自己图片分析过程录制成宏从而实现图片的快速分析，希望对大家有所帮助！

参考文献：

Whitehead MJ, McCanney G, Willison HJ, Barnett SC. MyelinJ: An ImageJ macro for high throughput analysis of myelinating cultures. Bioinformatics. 2019

Handala L, Fiore T, Rouillé Y, Helle F. QuantIF: An ImageJ Macro to Automatically Determine the Percentage of Infected Cells after Immunofluorescence. Viruses. 2019

—END—

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