综述 | 肾脏疾病与基因组医学（二）

二代测序

    二代测序通过目标区捕获和大量的并行测序来实现同时对基因组上的特定区域进行变异检测，具有速度快和高性价比的优势。特异区域可以是感兴趣的一组基因、所有基因编码区、或者所有基因区域，每种方案都有利有弊，究竟该选择哪种方法其实一直都在变化，主要是基于通量、性价比以及知识库的扩大。随着技术的发展，测序的成本已经越来越低，而解读才是目前最大的障碍，翻译到这里，不禁想打个广告，欢迎参加游侠举办的临床二代测序分析实践培训班。

 

Panel测序

Panel测序是对感兴趣的一组基因进行富集和测序，在保持速度和价格优势的情况下，相比WES和WGS可以提供更高的测序深度。曾经这种方法作为遗传性肾病的一线检测方案，但是大家比较关心自己感兴趣的基因是否在基因列表中，一些行业组织如ACMG、ESHG发布了一些测序深度和覆盖度的技术指南。有一些比较复杂的基因区域，比如引起Alport综合征的COL4A3基因第一个外显子高GC含量，引起多囊肾的PKD1基因与基因组上其他区域序列高度同源，临床实验室一般采用一代测序和长区域PCR的方法保证这些区域都能很好地检测到。

 

    由于Panel区域都是预先选择的，所以不用担心意外发现和第二发现，这些会给临床医生和患者带来额外的临床检测，如果结果是阴性的话，送检医生可以送另一个大Panel或WES，这种方法具有性价比。（老实说游侠不同意这样的观点，因为国内很多阴性结果的患者基本上不会再信任基因检测，而医生也面临更大的压力）

 

应用范围：Panel测序对很多肾病都有很有的检测灵敏度和性价比，比如肾病综合征、肾结石、肾炎相关纤毛病、CAKUT。这种Panel测序对于那些异质性比较低的疾病有很好的检测效果，比如Alport综合征主要由3个基因突变导致，分别是COL4A3，COL4A4, COL4A5，据文献报道在101名临床诊断为家族性血尿的患者中，采用Panel测序有84名患者寻找到致病突变。

 

但是很多时候，肾病相关的疾病异质性很高，很多基因在临床上表现完全不同的表型，这种情况下如何设计Panel平衡特异性和灵敏度就很有挑战性。举个栗子，对于CAKUT患者，采用23个明确的相关基因阳性率为8%，采用208个特发性与综合征型CAKUT基因，453个患者中有151个（33%）患者找到致病位点，但是在69名患者中产生了32个意义不明位点（VUS）,采用330个相关基因检测204个CAKUT患者，122个（60%）患者找到候选位点，但也产生了120个VUS。

 

目前认为医学外显子可以兼顾异质性与性价比，并且在临床中有比较高的检出率，但是有个缺点就是每隔一段时间就有新基因发现与疾病相关，这样医学外显子的基因每隔一段时间就要更新，因此与WES和WGS相比，还真不好说孰优孰劣！