2019年10月9日,Nature上一篇题为Decoding human fetal liver haematopoiesis的研究,利用单细胞测序技术对受孕后4周至17周的人胚胎肝脏、卵黄囊、肾脏和皮肤组织的单细胞转录组数据进行分析,构建了完整的人胚胎造血和免疫系统发育图谱。(https://www./articles/s41586-019-1652-y) 单细胞转录组之前是跟常规转录组一起开课的,但后来因为涉及内容多,也需要更专业的讲解,8月份第一次单飞独自开课,邀请中科院单细胞分析算法开发博士倾力授课,一鸣惊人,取得了很好的效果。 现于2019年11月29日-2019年12月1日在北京鼓楼推出《单细胞转录组数据整合分析第二期》专题培训,在第一期基础上进一步精进提高,适合研究临床、动物、植物的科研工作者参加。 如果时间等不及,可以参加我们的线上视频课程,随时加入,随时开始。(购买之前联系我们,更有办法获得本次课程更新的视频) 课程简介本课程一共3天,每天6节课,共18节课,全部课程均理论与实战结合(只要课上讲的都是可以带你自己实现的分析)。从分析平台搭建、Linux和R基础、图表解读和实战、单细胞转录组设计、分析标准流程、单细胞分型 (Cellranger, Seurat3, Scater, Monocle3, Scran),Marker基因鉴定,Pseudo-time 分析,单细胞整合分析(CCA,Seurat Anchor, label transfer, )及功能富集分析及各类高级分析(WGCNA、通路图绘制等),和CNS级图片修改排版。3天时间,老司机带您完成自学需要3个月甚至是1年的崎岖之路,助力您真正玩转单细胞转录组分析。 课程大纲每节课1小时一个主题,理论结合实战,学懂原理,实战实操,全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排,如11代表第一天第一节课,26代表第二天第六节课,41为两周后的线上集中视频答疑。 编号 | 主题 | 简介 |
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11 | 单细胞转录组特点介绍 | 注意事项 | 12 | 单细胞转录组分析环境搭建 | Win/Linux | 13 | 二代三代测序原理介绍 | 建库测序过程及注意事项 | 14 | 单细胞数据预处理 | 原始数据到表达矩阵 | 15 | 基因富集分析和可视化 | GSEA富集分析 | 16 | 文章常见图表解读 | 和Illustrator制作CNS标准图版 | 21 | 单细胞数据质控 | 细胞基因筛选 | 22 | 单细胞数据降维可视化 | PCA,tSNE,umap | 23 | 单细胞数据分型 | Kmeans,层级聚类,graph-based method | 24 | 可视化、分型实战 | Seurat3 | 25 | Marker基因鉴定 | Seurat3, Scran | 26 | 基于知识和常规转录组 | 细胞类型定义 | 31 | 单细胞发育轨迹分析 | Paga, Monocle3 | 32 | 单细胞数据整合分析 | 高级分析, mnnCorrect, Seurat Anchor | 33 | 单细胞数据影响因素鉴定 | 批次校正, Seurat Anchor | 34 | 圆桌论坛 | 自评学习效果、知识点回顾 | 41 | 答疑-线上 | 答疑、考试内容串讲 |
教程内容简介如下:
单细胞转录组技术介绍单细胞转录组学研究技术介绍 单细胞转录组学实验设计和测序原则、注意事项 二代、三代测序过程和原理解析 单细胞转录组学文章案例分析 目标基因GSEA/GO富集分析
单细胞转录组分析单细胞数据预处理和校正 细胞分型,PCA, TSNE, SC3聚类 (Seurat3, Monocle3, Scater) 单细胞发育演化分析 转录组常见图形在线绘制 单细胞Marker基因鉴定,差异分析和功能分析 单细胞数据整合分析、批次校正
单细胞数据可视化绘制和理解单细胞分析常见图形 生信基础知识Linux/Windows下Rstudio和Linux命令的使用 Linux/Windows下转录组分析流程的搭建
生物学家必要掌握的Shell和R语言基础知识。 (如果基础薄弱,报名付款成功后,可免费领取基础程序课,做好准备工作, 让程序成为我们的得力工具而不是学习新知识的绊脚石。)
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