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东南亚包括中南半岛和南洋（马来）群岛两大部分。
南洋群岛位于太平洋与印度洋之间。主要有苏门答腊岛、爪哇岛（人口最多）、婆罗洲（加里曼丹，面积最大）、苏拉威西岛、菲律宾群岛、帝汶岛、和巴厘岛等。因群岛以马来人为主，所以又叫“马来群岛”，在中国称“南洋群岛”，国际上也称东印度群岛。群岛上的国家有印度尼西亚、菲律宾、文莱、马来西亚（东马来西亚）、东帝汶和巴布亚新几内亚（大部分地区）。新几内亚岛有时不纳入马来群岛。以伊斯兰教为国教的国家包括有印尼、马来西亚、文莱三国。马来西亚、文莱、新加坡为前英国殖民地；印尼为前荷兰殖民地；菲律宾为前美国/西班牙殖民地；东帝汶则为前葡萄牙殖民地。
整个马来地区最早兴盛的土著政权，是公元7世纪兴起于苏门答腊岛东南部巨港一带的三佛齐王国（7世纪中--1293年，又称室利佛逝）。在三佛齐立国的数百年间，最大的挑战一直来自于爪哇岛。满者伯夷（1293--1478年）崛起于东爪哇，并向中、西部扩张。大约在公元1350年前后，满者伯夷灭亡了三佛齐并一统马来世界。
有了强大的海军，整个14世纪成为了满者伯夷的世纪。加里曼丹岛沿岸、苏拉威西岛、马来半岛、苏门答腊岛、马鲁古群岛那些原来臣服过三佛齐的马来政权，在14世纪中期都逐渐成为了满者伯夷的属国。满者伯夷信仰印度教，但也没有禁止其它宗教信仰。
作为连接两大洋的马来地区，受到中国和印度两大大文明中心影响。由于华夏文明的内敛性，以及本身文化对热带地区的不适应性，这一影响更多是从印度方向传递而来的。公元11世纪，伊斯兰化的突厥人开始大举入侵印度，印度河流域（巴基斯坦）率先完成了伊斯兰化进程。印度教徒只能在印度腹地坚持自己的信仰。随着阿拉伯人在整个印度洋上的开拓，孟加拉湾占据统治地位的印度教大国——“朱罗帝国”在13世纪的崩溃，使得孟加拉地区加入了伊斯兰世界。13世纪中后期始建于苏门答腊岛西北端亚齐地区的“巴塞苏丹国”，是伊斯兰教在马来地区第一个苏丹国。
1397年，满者伯夷彻底攻灭了三佛齐这个属国。后旅居于此的华人梁道明复国，建新三佛齐王国，明朝曾在此地置旧港宣慰使。1405年，在阿拉伯商团势力的支持下，源出旧三佛齐的“马六甲王国”正式建立。1414年，马六甲王国的创始人迎娶了来自巴塞苏丹国的公主，马六甲王国后来也称马六甲苏丹国。公元1470年，马六甲王国灭新三佛齐王国。新生的马六甲王国在泰国大城王朝与爪哇满者伯夷帝国的包夹中生存。马六甲王国在泰国大城王朝的逼迫下，被迫从淡马锡搬迁至马六甲的拜里米苏拉，并向泰国的大城王朝纳贡称臣。
公元1405年-1433年，郑和奉命七次出海远洋。借助大明王朝扩张海外影响力的大势，在15世纪的上半叶，马六甲控制了马来半岛南部，还跨越海峡，控制了相对应苏门达腊岛海岸线（今印尼廖内省地区）。随着马六甲苏丹国的强势崛起，爪哇岛也在15世纪后期至16世纪，掀起了伊斯兰化浪潮，并迫使满者伯夷帝国的印度教统治者，逐渐将势力范围退缩自东爪哇地区（直至灭亡）。今天的巴厘岛，成为了满者伯夷/印度教文化的最后遗存之地。
1511年，葡萄牙人的舰队攻陷马六甲王国，马六甲的穆斯林统治者，放弃了家族经营已逾百年的马六甲城，退守马来半岛最南端的柔佛地区（今马来西亚柔佛州）。原本最早接受伊斯兰文化的亚齐地区，一个新的苏丹国--亚齐苏丹国崛起了。利用奥斯曼帝国的庇护与帮助，亚齐苏丹国迅速得以强大。这样，马六甲海峡形成了三足鼎力的格局：强势崛起的伊斯兰新势力——亚齐苏丹国、旧势力柔佛苏丹国和葡萄牙人。
1602年，荷兰商人建立了“荷兰东印度公司”。东印度公司几乎承担了所有原本应由政府承担的责任（同时也是权力），不仅能够自行组建雇佣军性质的军队，并发动殖民战争，还能够发行货币、建立殖民地，乃至与有关国家订立政治条约。1603年，荷兰海军在马六甲海峡击败葡萄牙舰队，取得了东印度群岛的主导权。将荷属东印度的政治中心，设立在了爪哇岛的西端的雅加达。
荷兰人为了解决人力问题，从中国东南沿海招募的“契约华工”。契约华工或者“下南洋”行为一直延续到20世纪30年代，数量超千万。对“契约华工”一事推动最大的，是后来的大英帝国。已至后来东南亚各地，华人主导了当地经济。
1799年，荷兰结束了东印度公司，此后荷兰人以“荷属东印度”为行政框架，对荷兰东印度公司开拓的殖民地进行政治整合，并最终形成了现在的印尼。
英国东印度公司也为大英帝国在马来地区获得据点，如马来半岛西北部的“槟榔屿”（1786年），此后又在马六甲海峡拿下了马六甲、新加坡两个点。英国与荷兰于1824年签订了“英荷条约”，划分了双方在东方的势力范围及相应的贸易原则。其中主要有：荷兰将在印度沿岸及马来半岛的据点交给英国，英国则不介入新加坡海峡及马六甲海峡主航道以南地区的争夺。即认可廖内群岛及苏门答腊岛属于“荷属东印度”的势力范围。而西方在南洋的最早开拓者——葡萄牙，只剩下南洋群岛最东部的半个帝汶岛（东帝汶）了。
1826年，英属东印度公司决定整合在马来亚的三个港口属地，新加坡，槟城和马六甲组成海峡殖民地。
1895年，英国将马来半岛四个受英国保护的马来苏丹国，雪兰莪、森美兰、霹雳和彭亨，组成马来联邦，首府吉隆坡。
1909年，英国人从暹罗手中获得吉兰丹、吉打、玻璃市、登嘉楼的管辖权，并于1914年加入了柔佛苏丹国，五国苏丹国组成马来属邦。
1948年，英国政府把马来联邦、马来属邦与原海峡殖民地中的槟榔屿和马六甲等11邦，合并为马来亚联合邦。
1963年9月16日，马来亚联合邦与东巴的沙巴、砂拉越与新加坡组成马来西亚。为保持马来人的主导权，1965年8月9日以华人为主的新加坡被迫退出马来西亚。
在爪哇人征服马来世界，并建立“满者伯夷帝国”时，泰国在中南半岛崛起。
中南半岛
今天的中南半岛，有越南、泰国、缅甸、柬埔寨、老挝五个国家。在14世纪之前，柬埔寨是中南半岛最强大的国家，建立了中南半岛最早的强大文明体史称“高棉帝国”。高棉帝国经历三个时代：扶南王朝（公元1世纪-7世纪）、真腊王朝（公元7世纪-9世纪初），吴哥王朝（公元802年~1431年）。高棉帝国的核心在湄公河平原。
中南半岛一共有五条主要河流，分别是缅甸境内的萨尔温江、伊诺瓦底江；泰国境内的湄南河；越南境内的红河；以及最为知名的，就是流经了中南半岛全部五个国家的湄公河。湄公河发源中国青海，在中国部分被称之为澜沧江，经由中国西南的横断山脉流入中南半岛（缅甸、老挝）后，称湄公河。
与高棉人同时代甚至更早，孟人以伊诺瓦底江平原南部为中心，也建立了一些城邦国家。高棉人则以湄公河下游平原为核心建立了高棉帝国，今属泰国的湄南河平原则是双方争夺的缓冲区。一般认为，孟人和高棉人的祖先都是在公元前从云南方向扩散入中南半岛的，两族是同源的。
后来孟人遭遇到来自北方的缅人入侵，高棉人遭遇到来自西北方向的“泰人”入侵。公元13世纪中，湄南河平原北端崛起第一个泰人政权——“素可泰王国”（泰国第一王朝），素可泰王国在湄南河流域的统治持续了一个世纪。
15世纪初，从素可泰王朝中独立出来大城王朝吞并素可泰王朝，再次完成了整个湄南河流域的统一，这是“泰国第二王朝”
（1350年—1767年）。在它的存续期间，缅人也在缅甸解决了北方掸人和南方孟人的问题，完成了统一，包括有：“缅甸第二王朝”——东吁王朝（1531—1752年）、“缅甸第三王朝”——
贡榜王朝（1752～1885）。这也使得缅甸开始成为泰国西部最大的压力源。上述两个缅人王朝在崛起之初，都曾经向泰国方向扩张，并攻破曼谷。后者更是直接终结了大城王朝。
大城王朝被缅人终结之后，泰人很快便建立了“泰国第三王朝”——吞武里王朝”（
1769年--1782年）。这个王朝很快便为不满其统治的贵族、宗教势力所颠覆，替代吞武里王朝统治泰国的“泰国第四王朝”，就是延绵至今的“曼谷王朝”了。
公元1431年，吴哥王朝的都城被泰人攻破。使得高棉人将都城南迁至金边，以依靠西北方向的洞里萨湖，以及沿海的豆蔻山脉来保护王朝中心的安全。由于人口大量南迁，盛极一时的吴哥城逐渐在东南亚充沛的雨水作用下，重新恢复成了一片丛林之地。直到19世纪中叶，才被殖民柬埔寨的法国人重新“发现”。在越南人从红河三角洲南下，占据了湄公河入海口的三角洲之后，曾经的中南半岛霸主，退步成为一个东南亚二流国家。
缅甸第三王朝时期（1752～1885），缅甸国王企图入侵印度边界，使得占有印度的英国和缅甸在1824、1852、1885年三次爆发战争，最后缅甸王朝灭亡，缅甸成为英属印度的一省，并将政府设于仰光。
越人（京族）的势力原仅是局限于北部的红河流域，后越南人沿长山山脉向南扩张， 17 世纪越人从高棉族手中夺取了湄公河的出海口，占据了肥沃的湄公河三角洲。
1858年，法国人在越南中部的岘港登陆，1861年占领了西贡。为了拥有越南的宗主权，1883年法国与中国爆发中法战争占领了越南，1885年占领了柬埔寨。1887年，法属印度支那联邦正式成立。老挝原是泰国（暹罗）的附庸，1893年的法暹战争（暹为暹罗，即泰国）中，暹罗不得不将湄公河东岸的土地割让给法国，老挝也加入了“印支联邦”。
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