 最近小编读到一篇近期发表在Nature Reviews Molecular Cell Biology（IF：35.612）的文章《Reading, writing and erasing mRNA methylation》，系统地学习了一些m6A表观转录组学的表征和量化的新方法，m6A与细胞分化、癌症进展和其他过程机制的关系以及m6A Readers、Writers和Erasers的机制和功能新概念。如果您的研究涉及RNA加工成熟、稳定性、mRNA运输与翻译、RNA编辑等或其与肿瘤发生和转移、胚胎发育、干细胞、DNA损伤修复和病毒感染等方向，经常会关联到m6A研究的课题和实验，不妨一起来看看如下文中比较有意思的内容和观点。 1、m6A修饰mRNA的生命周期  m6A修饰mRNA的生命周期示意图 在转录过程中，以N6-甲基腺苷（m6A）甲基化为目标的mRNA的“生命周期”开始于细胞核中。包含核心甲基转移酶样蛋白3（METTL3）及其衔接子的m6A Writer复合物位于细胞核中，在此处它通过共同转录添加m6A。m6A Eraser也主要位于细胞核中。作用于mRNA中m6A的主要m6A Eraser是ALKBH5。最近发现，脂肪质量和肥胖相关蛋白（FTO）优先靶向m6Am，而不是m6A，其主要目标是核小RNA（snRNA）中的m6Am。当在核中时，m6A可以结合特定的核Reader蛋白，主要是YTHDC1（DC1），这可能会影响剪接或其他核过程如mRNA输出。当mRNA输出到细胞质时，m6A结合到特定的Reader蛋白上，这些蛋白会影响mRNA的稳定性、翻译和/或定位。在细胞质中，m6A Reader YTHDF1（DF1）、YTHDF3（DF3）、真核翻译起始因子eIF3和METTL3均支持m6A mRNA的翻译。YTHDF2（DF2）和DF3介导m6A mRNA降解，而胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白（IGF2BP1 / 2/3）和突触调节剂FMRP（一种与多核糖体相关的RNA结合蛋白，已知具有在神经元发育和突触可塑性中起重要作用）增强m6A mRNA的稳定性。（Am代表甲基化的A；m6Am代表N6，2′-O-二甲基腺苷） 2、m6A募集YTHDF蛋白而导致其相分离 在含有多个N6-甲基腺苷（m6A）残基的mRNA存在下，YTHDF（DF）蛋白会经历液-液相分离（LLPS）。每个DF低复杂性结构域具有介导蛋白质间相互作用的能力，这些相互作用可诱导相分离的“冷凝物”的形成。然后将这些DF-m6A mRNA冷凝物募集到相分离所形成已存在的无膜隔室中，例如应激颗粒、P体和神经元RNA颗粒。了解DF蛋白的相分离调控规律，从而控制这些无膜区室中mRNA及其相关蛋白的募集或释放，将有助于阐明DF蛋白如何调控细胞质中的m6A命运。值得注意的是，核m6A Reader蛋白 YTHDC1可能会经历类似的相分离过程。YTHDC1具有低复杂性结构域，可以在特定的核结构中募集m6A修饰的mRNA，以利于剪接或其他核过程。  m6A募集YTHDF蛋白从而导致相分离示意图 3、m6A Writer复合物组成 m6A writer Complex包含多种蛋白质。关于如此大的复合物介导m6A形成仍然未知，但单个蛋白质可能具有特定功能或可能整合不同的细胞信号以调节甲基化，组成writer Complex的蛋白质如图所示。 WTAP：关键的MeTTl3适配器 VIRMA：对甲基化很重要的WTaP相互作用因子 RBM15/15B：甲基化特异性介体 ZC3H13-WTAP和ZC3H13–RBM15 / 15B：相互作用或结合因子 CBLL1/HAKAI：被首次鉴定为与e-cadherin复合物相互作用的e3泛素连接酶  图形注释：ARM-型折叠，犰狳型折叠；C2H2，C2H2锌指结构域；CCCH，CCCH锌指结构域；LCD，低复杂度域；METTL3，甲基转移酶样蛋白3；MTD，甲基转移酶结构域；RING，RING锌指结构域；RRM，RNA识别motif；SPOC，spen旁系同源物和直向同源C末端。实线表示已确认的相互作用；点划线表示尚未表征的相互作用。 4、m6A Writing转录和位点特异性机制  （a）N6-甲基腺苷（m6A）Writer复合物到特定转录本的募集模型。 上图展示了两种模型：模型1中m6A Writer复合物募集到DNA基序是由转录因子介导的。模型2中通过组蛋白修饰（例如组蛋白H3赖氨酸36三甲基化（H3K36me3））引导m6A Writer复合物募集到特定的DNA位置。  （b）将m6A Writer复合物招募到特定的mRNA区域可能有助于近端DRACH的甲基化转录本中的共有序列。 上图展示了两种模型：在RNA结合蛋白（RBP）介导的募集模型中，m6A Writer复合体在转录过程中被结合到mRNA中特定位点的RBP引入DRACH位点附近，故附近的DRACH位点可以被甲基化。此类RBP的一个示例是RBM15 / 15B，它是writer复杂结构的一部分，可以促进m6A writer复杂结构与RNA的结合。在RNA聚合酶II中（Pol II）介导的招聘模式中，Pol II的放缓或其暂停有利于m6A Writer的募集。Pol II暂停可能发生在转录本的特定区域，导致m6A在这些位点积聚。 感兴趣的可以阅读原文：Sara Zaccara, Ryan J. Ries and Samie R. Jaffrey. Reading, writing and erasing mRNA methylation[J]. Nature Reviews Molecular Cell Biology volume 20, pages608–624 (2019). https:///10.1038/s41580-019-0168-5 锐博生物m6A-seq整体服务助力您的研究 在常见的m6A测绘技术中，MeRIP-Seq结合了RNA-蛋白免疫共沉淀和高通量测序技术，可实现全转录组水平上RNA甲基化测定和分析，是目前应用最广泛的技术手段之一。利用单克隆抗体抓取存在m6A修饰的RNA片段，结合高通量测序，实现转录组学范围内的m6A peak检测与motif分析。如果您的rRNA去除效果不佳、IP实验费时费力、人手不足、试剂盒太昂贵，可以联系并委托锐博生物开展m6A-seq整体服务，节省宝贵时间并加快您的实验进度，目前已发表的文章有多篇超过影响因子10分。 锐博生物的技术优势 ● 平台完整： MeRIP实验+建库+测序+分析+ qPCR验证，真正一站式服务 ● 高成功率：成功开展>1000例样本，支持低至ng级别RNA建库 ● 精工细作：人、大/小鼠去rRNA法IP实验，保留mRNA和长链非编码RNA ● 灵活选择：建库方式和文库片段大小可选 ● 重复性好：丰富的项目经验确保实验重复性，已进行多样本间的比较分析  提供丰富实用的生物信息学分析 除了可提供结合缝的参考基因组比对、motif检测及注释、样品间相关性、数据可视化、共有及特有peak分析、表达差异分析、GO功能富集、KEGG生物通路富集、转录本相关性等丰富的标准生物信息学分析之外，锐博生物还可提供诸如m6A位点的预测（仅限于人，小鼠）和m6A修饰与疾病相关性注释（仅限于人）的高级分析，更好地助力研究人员发现更多的数据价值。 如果我想委托你们做整体服务，样本准备有何建议？ 组织：建议>5g （>30ug RNA） 细胞：建议>2×107 （>30ug RNA），培养过程避免支原体污染 开展MeRIP-seq是否有物种限制？ 有参考基因组，且基因组拼接至染色体水平，gtf注释文件较完整物种都可以开展。真核、原核或病毒在结合峰检测涉及的软件和参数存在差别，原核或病毒项目建议先评估。 为什么需要同时测Input和IP样本？ MeRIP项目中Input和IP组成一对样品。实验环节IP样品用m6A抗体特异性富集甲基化修饰的RNA片段，而Input仅仅是片段化的RNA则作为对照消减背景噪音，在建库、测序平行开展。结合峰检测分析需整合两个样本的数据，并利用Input数据排除本底表达水平高或非特异性结合的peaks，以提高calling peak的准确性。 请问项目周期大概需要多久？ 我们对每一个实验环节严格要求，确保实验过程严谨有效，IP实验+建库+测序+生信分析的服务周期为55个工作日（≤12个样本），65个工作日（>12个样本）。 请问你们客户的文章都发表到哪些期刊？ 锐博生物MeRIP/m6A-seq测序服务已见刊于Nature Communications 、Molecular Cancer等国际著名期刊。例如： [1] Wang H, Hu X, Huang M, et al. Mettl3-mediated mRNA m 6 A methylation promotes dendritic cell activation[J]. Nature communications, 2019, 10(1): 1898. （影响因子：11.87）， [2] Li T, Hu P S, Zuo Z, et al. METTL3 facilitates tumor progression via an m 6 A-IGF2BP2-dependent mechanism in colorectal carcinoma[J]. Molecular cancer, 2019, 18(1): 112. （影响因子：10.679） 如何委托m6A-seq整体服务？ 请到锐博生物官网www.ribobio.com的“技术服务询价与下单”中提交委托需求并询价！ 距第七届中国核酸国际论坛开幕 剩余6天 |
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