一、β-多样性分析介绍 1. β(Beta)Diversity: 是对不同样品/不同组间样品的微生物群落构成进行比较分析。
1)OTUs的丰度信息表; 2)OTUs之间的系统发生关系, 计算UnweightedUnifrac及Weighted Unifrac距离。
2. PCA & PCoA分析
3. UniFrac距离
UniFrac距离有: 1)非加权(Unweighted)
2)加权(Weighted)
4. 聚类分析 聚类分析:通过等级树的形式展示样品间的差异大小。 ※ 与多维尺度分析相同,聚类分析可以采用任何距离评价样品之间的相似度。 常用的聚类分析方法包括: 1)非加权组平均法(Unweightedpair-group method with arithmetic means,UPGMA) 2)单一连接法(Single-linkageclustering) 3)完全连接法(Complete-linkageclustering) 4)……等。 |
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