第一是不能专心。当初读的都是旧书，主要是考据和辞章两类。考据是指研究文献或历史问题时，根据资料来考核、证实和说明；辞章是诗词文章的总称或文章的修辞。蔡元培的喜好，在考据方面，偏于哲理；对于典章名物，不大耐烦。在辞章方面，偏于散文；对于骈文及诗词，不大热心。虽然他读书很多、很杂，但都没有读深、读透。多年来，蔡元培曾想编一部说文声系义证，又想编一本公羊春秋大义，但都没有成书。40岁后，他开始学德文，后来又学法文，因为没有下功夫记外语单词、练习语法，只是囫囵吞枣地看书，所以到最后也不能写一篇合格的德语、法语文章，做一回这方面的演说。1907年起，蔡元培先后在德国柏林大学、莱比锡大学读书。哲学、文学、心理学、美学、民族学、美术史、文明史统统去听，关于这些学科的参考书，也胡乱读起来。后来，他经过思考决定收缩读书范围，以美学与美术史为主，辅以民族学，然而其他类的书始终不能割爱，既想译一本美学，又想编一部比较民族学，但都没有成书。
第二是不能动笔。蔡元培抱着利己主义态度读书，也就是自己喜欢的就读，反之就弃之。对于书里的疑问之处，他始终不大用心去搜寻，即便有时在书上做几点特别的记号，但时间一长，就不了了之。
蔡元培多次见到胡适有这样一个习惯，出门带一两本书，在车上或忙里偷闲时翻阅，见到有用的材料，就折角或以铅笔作记号。询问得知胡适回家后立即查阅相关资料或者进行摘抄。对照胡适，蔡元培反思自己因为懒得动笔，所以学术成就逊色很多。
