介绍
Taxonomy : NCBI公共序列数据库中所有生物的策划分类和命名法。目前包含地球上大概10%的物种。 我们现在查询到底包含有有多少物种,进入统计页面:。可以看到不同的分类下的分布情况,总体包含有597658 条物种信息。
查询某个物种的全部核酸序列和蛋白序列
-
进入 NCBI 首页
-
点击Taxonomy ,进入物种分类数据库
- 进入 Taxonomy 首页,输入
human ,点击Search
-
浏览该物种下的核酸序列或蛋白序列,直接点击Nucleotide 或者Protein
-
浏览核酸序列列表,数量远远超过了所预想的数量,因为这里包含的是与 Nucleotide 相关的该物种的信息
-
选择左栏的Viruses 切换显示物种,可以看到有好多病毒的整合位点信息。你也可以点击左栏来筛选其他你想要的信息,比如mRNA 。
查看某个物种的其他信息(蛋白结构,基因,测序数据,相关文献等)
https://www.ncbi.nlm./Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Root
-
进入首页,我们以人类为例:输入human ,点击Go
-
点击Homo sapiens
- 大家会看到在NCBI中关于人类的目前几乎全部的生物数据。左栏显示人类拉丁名
Homo sapiens ,Taxonomy编号为txid9606 ,基因密码子表,线粒体密码子表等。
右栏展示与人相关的数据,常用的包括
Nucleotide : 核酸序列Protein : 蛋白序列Structure : 蛋白结构(大部分来源于PDB数据库)SNP : 单位点突变数据GEO Datasets /SRA Experiments /GEO Profiles : 用于储存公共测序数据,这个包含之前的芯片数据,也有目前大部分的高通量测序PubMed Central : 文献Gene : 基因信息
Taxonomy 编号在查询和标注信息时候常常用到,比如,在Nucleotide 中查询现代智人的时候:
Taxonomy 的相关数据下载
ftp://ftp.ncbi./pub/taxonomy/
1. gi_taxid 标识的数据
NCBI早在2016年已经宣布逐渐停用,这部分信息不再关注
2. taxcat 标识的数据
ncbi提供有不同格式的压缩包,解压后都只有一个categories.dmp 文件。打开该文件,包含三列信息,三列代表的不同的分类层次。
以尼安德特人(taxid:63221)为例
查看categories.dmp 文件(下面命令代表去categories文件中查找63221并显示):
cat categories.dmp | grep 63221
结果如下,第一行即为63221(taxid)代表尼安德特人:
我们现在可以描述尼安德特人(taxid:63221)属于真核生物(E)里的智人(taxid:9606)类的一个分支。
3. taxdump 标识的数据
同样提供不同格式的压缩包,解压gunzip -c taxdump.tar.gz | tar xf - 后包含7个文件:
-
citations.dmp :与某个物种(taxid表示)的文献信息:
- it_id :the unique id of citation
- cit_key:citation key
- medline_id:unique id in MedLine database (0 if not in MedLine)
- pubmed_id:unique id in PubMed database (0 if not in PubMed)
- url:URL associated with citation
- text :any text (usually article name and authors)
:The following characters are escaped in this text by a backslash:
:newline (appear as “\n”),
:tab character ("\t"),
:double quotes (’"’),
:backslash character ("\"). - taxid_list:list of node ids separated by a single space
-
names.dmp :存储 taxid 对应的物种名信息
- tax_id:the id of node associated with this name
- name_txt:name itself
- unique name:the unique variant of this name if name not unique
- name class:(synonym, common name, …)
-
nodes.dmp :存储 taxid对应的多级节点信息
- tax_id:node id in GenBank taxonomy database
- parent tax_id:parent node id in GenBank taxonomy database
- rank:rank of this node (superkingdom, kingdom, …)
- embl code:locus-name prefix; not unique
- division id:see division.dmp file
- inherited div flag (1 or 0): 1 if node inherits division from parent
- genetic code id:see gencode.dmp file
- inherited GC flag (1 or 0): if node inherits genetic code from parent
- mitochondrial genetic code id: – see gencode.dmp file
- inherited MGC flag (1 or 0): – 1 if node inherits mitochondrial gencode
- GenBank hidden flag (1 or 0) : – 1 if name is suppressed in GenBank entry
- hidden subtree root flag (1 or 0) : – 1 if this subtree has no sequence data yet
- comments:free-text comments and citations
-
delnodes.dmp :已经删除不用的节点信息
-
division.dmp :
- division id:taxonomy database division id
- division cde:GenBank division code (three characters)
- division name:e.g. BCT, PLN, VRT, MAM, PRI…
- comments
-
gencode.dmp :密码子表信息
- genetic code id:GenBank genetic code id
- abbreviation:genetic code name abbreviation
- name:genetic code name
- cde:translation table for this genetic code
- starts:start codons for this genetic code
-
merged.dmp :记录新taxid替换旧taxid的信息
- old_tax_id:id of nodes which has been merged
- new_tax_id:id of nodes which is result of merging
- 常用物种拉丁文名称
- Homo sapiens (human,人)
- Mus musculus (mouse,小鼠 )
- Xenopus laevis (frog ,爪蟾 )
- Danio rerio (zebrafish,斑马鱼 )
- Drosophila melanogaster (fruit fly ,果蝇 )
- Caenorhabditis elegans (nematode,线虫 )
- Escherichia coli (colibacillus ,大肠杆菌 )
- Saccharomyces cerevisiae (yeast,酵母 )
- Arabidopsis thaliana (thale cress,拟南芥 )
- Oryza sativa (rice,水稻 )
- Triticum aestivum (wheat,小麦 )
- Hordeum vulgare (barley,大麦 )
- Glycine max (soybean,大豆 )
- Medicago truncatula (barrel medic,蒺藜状苜蓿 ) Chlamydomonas reinhardtii (Chlorophyta ,莱因哈德衣藻 )
- Helicobacter pylori (H.pylori,幽门螺旋杆菌)
- Ciona intestinalis (sea squirt,海胆 )
- Anopheles gambiae (malaria mosquito,按蚊 )
- Takifugu rubripes (pufferfish ,河豚 )
- Macaca mulatta (monkey,恒河猴 )
- Mesocricetus auratus (hamster,仓鼠 )
- Rattus norvegicus (rat,大鼠 )
- Ciona intestinalis (sea squirt,海鞘 )
|