【原】miRNA数据分析专题

miRNA是一类长度在18到36bp的非编码RNA, 其功能属于转后后修饰调控，主要通过和mRNA的3’UTR区进行结合，结合区域称之为`seed`，当结合区域的序列完全配对时，诱导mRNA降解， 当只有部分序列配对时，抑制mRNA的翻译，从而发挥一个负调控的机制，本文整理了miRNA相关的资料。

首先是miRNA简介和先关的数据库

• microRNA简介

• miRNA命名规范

• mirbase数据库简介

• Rfam数据库简介

• RNAcentral:非编码RNA数据库

miRNA研究的核心内容是定量，差异和靶基因调控。定量包括了已知miRNA定量和预测新的miRNA

• 已知miRNA定量原理揭秘

• RNA二级结构表示法:Dot-Bracket notation

• RNAfold预测RNA的二级结构

• mirdeep2识别novel miRNA

差异分析和mRNA是一样的，这里不再赘述，miRNA靶基因相关的数据库如下

• miRTarBase:实验验证的miRNA靶基因数据库

• mirDIP:最全面的人类miRNA靶基因数据库

• miRWalk:综合型的miRNA靶基因数据库

• TargetScan:哺乳动物miRNA靶基因数据库

• miRDB:软件预测的哺乳动物miRNA靶基因数据库

• TarBase:有实验数据支持的miRNA靶基因数据库

• HMDD:miRNA相关疾病数据库

• TransmiR:转录因子和miRNA调控关系数据库

• miRcode:人类miRNA结合图谱数据库

• miRanda和mirSVR:预测miRNA结合位点的工具

通过miRNA与mRNA的调控关系，可以对差异miRNA对应的靶标mRNA进行富集分析

• miRPath:miRNA相关GO和KEGG功能分析
  

miRNA的调控机制，使得其参与到很多疾病的发生发展过程中

• mir2disease:miRNA相关疾病数据库

• MirSNP:miRNA相关SNP位点数据库

• miRCancer:肿瘤相关的miRNA表达谱数据库

单纯的miRNA数据分析，内容较少，更多的是作为一种调控机制，研究其与其他RNA分子的互作，比如ceRNA调控机制的研究，综合mRNA, lncRNA, circRNA和miRNA, 来研究其ceRNA调控网络关系。

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  TCGA

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• 使用GDC在线查看TCGA数据

• 使用gdc-client批量下载TCGA数据

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• 通过GDC Legacy Archive下载TCGA原始数据

• 使用GDC API查看和下载TCGA的数据

• 使用GDC下载TCGA肿瘤患者的临床信息

• 使用TCGAbiolinks下载TCGA的数据

• 使用TCGAbiolinks进行生存分析

• 使用TCGAbiolinks分析TCGA中的表达谱数据

• 使用TCGAbiolinks进行甲基化和转录组数据的联合分析

• Broad GDAC:TCGA数据分析中心

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• UCSC  Xena:癌症基因组学数据分析平台

• GEPIA:TCGA和GTEx表达谱数据分析平台

• TANRIC:肿瘤相关lncRNA数据库

• SurvNet:基于网络的肿瘤biomarker基因查找算法

• TCPA:肿瘤RPPA蛋白芯片数据中心

• TCGA Copy Number Portal:肿瘤拷贝数变异数据中心

  生存分析

• 生存分析详细解读

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• 用R语言进行Cox回归生存分析

• 使用kmplot在线进行生存分析

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• ICGC:国际肿瘤基因组协会简介

• HPA:人类蛋白图谱数据库

• Oncomine:肿瘤芯片数据库

• ONGene:基于文献检索的肿瘤基因数据库

• oncomirdb:肿瘤相关的miRNA数据库

• TSGene:肿瘤抑癌基因数据库

• NCG:肿瘤驱动基因数据库

• mutagene:肿瘤突变频谱数据库

• CCLE:肿瘤细胞系百科全书

• mSignatureDB:肿瘤突变特征数据库

• GTEx:基因型和基因表达量关联数据库

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• 使用WashU Epigenome Browser可视化hi-c数据

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• Chip-seq简介

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• chip_seq质量评估之PCA分析

• chip_seq质量评估之coverage分析

• chip_seq质量评估之FRiP Score

• chip_seq质量评估之cross correlation

• chip_seq质量评估之文库复杂度

• depth, bedgraph, bigwig之间的联系与区别

• bigwig归一化方式详解
  

• 使用igvtools可视化测序深度分布

• 使用UCSC基因组浏览器可视化测序深度分布数据

• 使用deeptools查看reads分布特征

• 使用phantompeakqualtools进行cross correlation分析
  

• blacklist regions:NGS测序数据中的黑名单

• MACS:使用最广泛的peak calling软件之一

• MACS2 peak calling实战

• 使用SICER进行peak calling

• 使用HOMER进行peak calling

• peak注释信息揭秘

• PAVIS:对peak区域进行基因注释的在线工具

• 使用UPORA对peak进行注释

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• annoPeakR:一个peak注释的在线工具

• 使用ChIPpeakAnno进行peak注释

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• 利用bedtools预测chip_seq数据的靶基因
  

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• 使用WebLogo可视化motif

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• 使用MEME挖掘序列中的de novo motif

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• 使用MEME-ChIP挖掘序列中的de novo motif

  chip_seq数据库

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• FactorBook:人和小鼠转录因子chip_seq数据库

• ReMap:人类Chip-seq数据大全

• IHEC:国际人类表观基因组学联盟

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• GTRD:最全面的人和小鼠转录因子chip_seq数据库

• ChIP-Atlas:基于公共chip_seq数据进行分析挖掘

• Cistrome DB:人和小鼠的chip_seq数据库

• chipBase:转录因子调控网络数据

• unibind:human转录因子结合位点数据库

• chip_seq在增强子研究中的应用

• DENdb:human增强子数据库

• VISTA:人和小鼠的增强子数据库

• EnhancerAtlas:人和小鼠的增强子数据库

• FANTOM5:人类增强子数据库

• TiED:人类组织特异性增强子数据库

• HEDD:增强子疾病相关数据库

• HACER:human增强子数据库

• SEdb:超级增强子数据库简介

• dbSUPER:人和小鼠中的超级增强子数据库

• dbCoRC:核心转录因子数据库

• 使用ROSE鉴定超级增强子

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