TCGAbiolinks不仅提供了数据的下载功能,还提供了各种各样的下游分析功能,生存分析是TCGA数据最经典的应用场景之一,通过TCGAbiolinks可以轻松实现生存分析。 在进行生存分析之前,首先要得到患者的临床数据。在之前的文章中介绍了通过GDC来下载临床数据的方法,在GDC中临床数据有两种形式
这两种临床信息的下载方式如下 1. TSV/JSON结果示意如下 2. XML结果示意如下 此外,还提供了从GDC Legacy Archive数据库下载临床信息的功能,用法如下 在进行生存分析时,更推荐使用TSV/JSON格式的生存信息,更新的更加及时,具体用法如下 结果如下所示 通过TCGAbiolinks可以方便的提取TCGA中的临床信息进行生存分析。 ·end· |
|